在古代，哲學與科學的分界並不是很明顯。這時候，不僅自然科學包含在自然哲學裡面，而且通常自然科學與自然哲學並無區分。譬如牛頓最著名的著作就叫做《自然哲學的數學原理》。現在，人們通常將哲學與科學區分了開來，看做是兩門不同的學問。這是科學門類日益繁多、研究分工日益細化的必然結果。在這種情況下，自然哲學通常是指關於自然及人與自然之間關係的最一般規律的思想。最著名的要數恩格斯的著作《自然辯證法》了。自然辯證法就是自然哲學。而具體的自然規律及其量化關係，通常將之稱為自然科學。 但是請注意，正如前面說的，自然哲學與自然科學本無根本區別。
所謂的一般規律與具體規律，也沒有絕對的劃分標準。宇宙大爆炸理論，你說它是自然哲學的思想還是自然科學的思想？我們只能說，關於宇宙大爆炸的觀點，可以說是一種自然哲學，但如果我們具體設計了大爆炸的模型，並且計算出了有關的數量關係，這大概應當是自然科學了。
先秦道家和古希臘自然哲學的比較研究
首先，通過對自然哲學形成時期的不同宗教背景的比較，指出：在古代中國，宗教意識是官學的主要成分，它受貞人筮官的控制，並以經典文獻的形式固定下來，它向自然哲學的過渡是非常滯緩和不徹底的；在古代希臘，宗教意識沒有成為官學，相反，它通過民間學派的輾轉傳播，被消弱了權威性，因此，比較迅速和徹底地為自然哲學所代替。作者在《易經》這部西周筮官編纂的占筮書以及在米利都學派與畢達哥拉斯社團中尋覓中西宗教意識向哲學思想演變的跡象，發現在古代中國，宗教意識向自然哲學思想的過渡，表現為對“天”的認識的具體化；在古代希臘，則表現為對“始基”的認識的具體化。
道的概念比較
其次，本文以老子的“道”和赫拉克利特、巴門尼德的“道”為代表進行比較，並指出：老子的“道”被用來指萬物的本原；赫拉克利特的“道”被用來指火與萬物相互交換的過程，而巴門尼德的“道”則用來指認識萬物的途徑。在綜合程度上，老子的“道”是最高的，它既是“有”和“無”的統一，又是“動”和“靜”的統一，因此也最顯得空洞和含糊，以致於後來被竄改得面目全非；赫拉克利特和巴門尼德的“道”在綜合程度上儘管不如老子的“道”，但或則闡發了一和多、對立面的鬥爭與同一，或則開始意識到現象與本質之間的區別，因而顯得更具體和明確；由此可以說明先秦自然哲學的抽象性和古希臘自然哲學的具體性。
先秦自然哲學思想
再次，通過目的觀念的比較，指出：在中國，目的之導入自然，表現為天的理法化，其契機是尋求天道的依據，以附會人事和學說；在希臘，則表現為把神意強加于自然，其契機是尋求自然的作用因，以解釋自然的生成。目的之導入自然，在戰國的五行說中，以人為本位；在柏拉圖的自然學說中，則以神為本位。
