吳內閣 | 劉內閣 | |
職稱 | 姓名 | 姓名 |
| 行政院長 | ● 吳敦義（原國民黨秘書長） | 劉兆玄 |
| 行政院副院長 | ● 朱立倫（原桃園縣長） | 邱正雄 |
| 政務委員 | 蔡勳雄 | 蔡勳雄 |
| 政務委員 | 曾志朗 | 曾志朗 |
| 政務委員 | 張進福 | 張進福 |
| 政務委員 | 未定 | 高思博 |
| 政務委員 | 未定 | 陳添枝 |
| 政務委員 | 范良銹 | 范良銹 |
| 政務委員 | 薛承泰 | 薛承泰 |
| 行政院秘書長 | ● 林中森（原內政部次長） | 薛香川 |
| 內政部長 | ● 江宜樺（原研考會主委） | 廖了以（接任總統府秘書長） |
| 外交部長 | ● 楊進添（原駐印尼代表） | 歐鴻鍊 |
| 國防部長 | ● 高華柱（原退輔會主委） | 陳肇敏 |
| 財政部長 | 李述德 | 李述德 |
| 教育部長 | ● 吳清基（原台北市副市長） | 鄭瑞城 |
| 法務部長 | 王清峰 | 王清峰 |
| 經濟部長 | ● 施顏祥（原中油董事長） | 尹啟銘 |
| 交通部長 | 毛治國 | 毛治國 |
| 蒙藏會 | 高思博 | 高思博 |
| 僑委會 | 吳英毅 | 吳英毅 |
| 主計長 | 石素梅 | 石素梅 |
| 人事局長 | ● 吳泰成（原考試委員） | 陳清秀 |
| 新聞局長 | 蘇俊賓 | 蘇俊賓 |
| 衛生署長 | 楊志良 | 楊志良 |
| 環保署長 | 沈世宏 | 沈世宏 |
| 海巡署長 | 王進旺 | 王進旺 |
| 陸委會主委 | 賴幸媛 | 賴幸媛 |
| 經建會主委 | ● 蔡勳雄（政務委員兼任） | 陳添枝 |
| 消保會主委 | ● 朱立倫（副院長兼任） | 王昱婷 |
| 退輔會主委 | ● 曾金陵（原戰略顧問） | 高華柱 |
| 青輔會主委 | 王昱婷 | 王昱婷 |
| 原能會主委 | 蔡春鴻 | 蔡春鴻 |
| 國科會主委 | 李羅權 | 李羅權 |
| 研考會主委 | ● 宋餘俠（暫代） | 江宜樺 |
| 農委會主委 | 陳武雄 | 陳武雄 |
| 文建會主委 | 黃碧端 | 黃碧端 |
| 勞委會主委 | 王如玄 | 王如玄 |
| 工程會主委 | 范良銹（政務委員兼任） | 范良銹 |
| 原民會主委 | ● 孫大川（原政大台研所副教授） | 章仁香 |
| 體委會主委 | 戴遐齡 | 戴遐齡 |
| 客委會主委 | 黃玉振 | 黃玉振 |
| 中選會主委 | ● 賴浩敏（原中選會委員） | 張政雄 |
| 台灣省政府主席 | 張進福（政務委員暫兼） | 蔡勳雄 |
| 福建省政府主席 | 薛承泰（政務委員兼任） | 薛香川 |
| 故宮博物院院長 | 周功鑫 | 周功鑫 |
| 中選會主委 | ● 賴浩敏（原中選會委員） | 張政雄 |
| 故宮博物院院長 | 周功鑫 | 周功鑫 |