孫立人並不是甚麼了不起的人，但是他所持的觀點，軍隊國家化才是最重要的重點。蔣經國最大的問題是把軍公教國民黨化，所帶給人們自私自利的觀點深入民心，以至於反國民黨變成反中華民國。

李登輝的台獨政策正是蔣經國三不政策的具體實現

1955年5月25日，在蔣的授意下，毛人鳳將孫的舊部、步兵學校少校教官郭廷亮以「匪諜」為名逮捕，由此拉開又一撥整肅高潮，一周之後，台灣南部又爆發了所謂「兵諫案」。不到一個月的時間內，被拘捕的孫立人的舊部達到300多人，意在通過這些下屬來尋找打擊孫立人的突破口。郭廷亮被捕4天後，蔣介石還故作無事地召見孫立人，據孫回憶：「1955年5月28日上午10時正，『總統』召見我，第一句話問我近來看什麼書?我回答：『看《南宋史》。』他說：『那很好，很好。』他接著說：『你沒有什麼，你以後少跟政客們來往。』我回答他說：『是的，我一生最討厭玩政治和與政客打交道。』他隨即說：『這次我要把你給孤立起來。』同時他面色變得很難看(氣憤)，隨即又迴轉微笑(不自然的)說：『你對於訓練部隊很好，不過打仗不行。』我當時聽了他這話，幾乎迷惑了。真是使我啼笑皆非，不知從何說起。我當時直言以對：『不然，將不知兵，何以為戰?蓋兵戰實為一體兩面，而不可分離。竊職總發從軍追隨鈞座卅餘年，轉戰國內外大小凡百餘戰，從未辱鈞命，而攻無不克，戰無不勝，守無寸土之失。殊不知鈞座所言『打仗不行』何所指也?若言爭權奪利，欺世盜名，則我不屑也。』言畢敬禮而退。未想到這竟是最後一次的見面。」

面對山雨欲來，謠言滿天，許多人勸孫立人儘速出走，但耿直的孫立人自認問心無愧，不為所動。而此時已被逮捕的郭廷亮，被押往高雄鳳山審訊，政工幹部要他承認有謀叛意圖，逼他交出孫立人的所謂兵變計劃。郭廷亮自然嚴詞拒絕了這些子虛烏有的問題，於是遭受嚴刑拷打。他不為所動，堅持不承認有謀叛企圖。眼看一招不成，保密局特勤室主任毛惕園又策劃出一計。先是將郭的妻兒也關入監牢。然後他與毛人鳳共同導演，勸郭廷亮寫自白書承認自己是「共產黨的間諜」以此來換取早日釋放，並且謊稱保證出獄有工作，不會牽連孫立人。在威逼利誘之下，郭廷亮寫下了「自白書」。接著辦案人員拿著這份「自白書」去威脅其他涉案人員，幾經反覆，終於有了幾十份令他們滿意的「自白書」。自此郭廷亮「匪諜」案和南部「兵諫」案便告坐實，扳倒孫立人已是箭在弦上。

8月3日，「總統府」局長黃伯度帶著上述「自白書」來到已被憲兵包圍的孫立人官邸，要其引咎辭職。孫立人知道其中必定有詐，斷然拒絕。黃又透過其部下陸軍副總司令賈幼慧，以及孫的侄子孫克剛等，轉達「上面」堅決整頓孫立人舊屬的立場，要孫立人顧全300多名部下的性命。自知回天乏術，孫立人無奈寫下一份簡短辭呈。然而這份辭呈並不能令上面滿意，反覆幾次，寫出了一份「符合要求」的辭呈。

8月20日，「總統府」發布「徹查令」，10月23日，歪曲事實的報告出爐，結論是：孫的部下郭廷亮「為中共工作」，利用孫的關係在軍中聯絡軍官，準備發動「兵諫」，孫未及時「舉報」亦未「採取適當防範之措施」，「應負責任」。郭廷亮被判處無期徒刑，先在綠島監獄服刑，假釋後，卻發生了在火車上跳車身亡的離奇「意外」。

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