花蓮和臺東的原住民多信仰基督教，為方便信徒禮拜而建立教堂，因有不同的教會系統，一個部落裡可能有不只一座的教堂，最常見的是天主教會與基督教長老會教堂，僅次於前二者的是真耶穌教會教堂。
真耶穌教會是中國人建立的基督教派，受到使徒信心會和神召會靈恩運動的影響，民國6年（1917）於北京創立，初期的重要人物為張靈生（彬）、張巴拿巴（殿舉）、魏保羅（恩波），魏保羅不靠外國人的金錢和力量傳教的主張，順應當時人民民族意識覺醒的潮流，加上他憑信心、靠禱告治病的主張受到貧民和罹有疑難病患者的歡迎，創立教會不到10年便傳遍中國各地，並傳到國外。
真耶穌教會在日據時期傳入臺灣，起因於幾位臺灣青年在福建漳州加入真耶穌教會，並商議回臺灣傳道，大正15年（1926）3月7日他們在彰化線西塭仔村舉行第一次佈道會；10日在十五張犁第一次施浸就有62人信道，成立了線西教會（後改稱伸港教會），之後到嘉義朴子牛挑灣辦理佈道會及施浸，成立牛挑灣教會（後合併朴子教會）。4月成立清水教會，傳教之初在40天內即在臺灣南部設立三處教會，百餘人成為信徒。
真耶穌教會傳入花東的過程，依據真耶穌教會臺灣總會網站資料所述：「1939年，花蓮縣秀林鄉富世村的田三多（太魯閣族），因患嚴重肺結核病被公立醫院宣告無法醫治後，由花蓮教會吳石連介紹信主受浸，而得起死回生，乃將真道傳播於該族山地各村；雖受到日本警察的迫害，仍採潛行的方法繼續工作；直至光復後始得信仰自由。光復當初，由溪湖教會阮錢杉向台東縣太麻里鄉美和村阿美族證道。後來因信徒不參加豐年祭的跳舞及狂飲等壞習慣，並為革除迷信等問題，曾引起同族的全面迫害，但信徒們卻以忍耐和善行來感化同族棄惡從善。以後教會遍立於台東縣各地，成為全省教會數最多的一縣。光復當初，經花蓮縣山里教會姊妹包百合將福音傳入宜蘭縣南澳村後，曾由村田豐道、楊約翰前往佈道，而遭村民毆打驅逐；也發生過女信徒福田靜子被警察毆打殉道事。尚有信徒20多人被迫逃往花蓮縣富世村避難，延至1951年始得信仰自由並建築會堂。現在花東兩縣已成立教會及祈禱所77處。」
真耶穌教會在花蓮、臺東的教會和祈禱所如下：
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教會名稱 |
區 |
小區 |
縣 |
鄉鎮 |
村里 |
備註 |
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克來寶教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
和平 |
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崇德教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
崇德 |
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富世教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
富世 |
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三棧教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
景美 |
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加灣祈禱所 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
景美 |
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南華教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
吉安 |
南華 |
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銅門教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
銅門 |
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銅光教會 |
東北區 |
花北小區 |
花蓮 |
秀林 |
銅門 |
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北埔教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
新城 |
北埔 |
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花蓮教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
花蓮 |
國魂 |
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德安教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
花蓮 |
主權 |
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月眉教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
壽豐 |
月眉 |
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平和教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
壽豐 |
平和 |
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豐坪教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
壽豐 |
豐坪 |
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鹽寮祈禱所 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
壽豐 |
鹽寮 |
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芳寮教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
壽豐 |
鹽寮 |
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磯崎教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
豐濱 |
磯崎 |
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新社教會 |
東北區 |
花中小區 |
花蓮 |
豐濱 |
新社 |
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西林教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
萬榮 |
西林 |
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南富教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
光復 |
南富 |
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紅葉教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
萬榮 |
紅葉 |
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立山教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
卓溪 |
立山 |
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山里教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
卓溪 |
立山 |
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玉里教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
玉里 |
中城 |
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萬寧教會 |
東北區 |
花南小區 |
花蓮 |
富里 |
萬寧 |
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靜浦教會 |
東南區 |
長濱小區 |
花蓮 |
豐濱 |
靜浦 |
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南溪教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
三間 |
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大俱來教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
三間 |
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三間教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
三間 |
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真柄教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
三間 |
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忠勇教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
忠勇 |
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田組教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
長濱 |
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竹湖教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
長濱 |
竹湖 |
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重安教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
成功 |
博愛 |
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忠孝教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
成功 |
忠孝 |
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美山教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
成功 |
忠孝 |
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三仙教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
成功 |
三仙 |
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高台教會 |
東南區 |
長濱小區 |
臺東 |
成功 |
三仙 |
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芝田教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
三仙 |
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忠智教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
忠智 |
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成功教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
三民 |
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忠仁教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
忠仁 |
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八邊教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
和平 |
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和平教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
和平 |
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鹽濱教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
和平 |
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嘉平教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
和平 |
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豐田教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
信義 |
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豐泉教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
信義 |
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小馬教會 |
東南區 |
成功小區 |
臺東 |
成功 |
信義 |
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美蘭教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
東河 |
北源 |
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隆昌教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
東河 |
隆昌 |
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興昌教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
東河 |
興昌 |
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都蘭教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
東河 |
都蘭 |
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漁橋教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
東河 |
都蘭 |
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大橋教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
臺東 |
南榮 |
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石川教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
臺東 |
富豐 |
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東光教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
臺東 |
永樂 |
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美和教會 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
太麻里 |
美和 |
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建農祈禱所 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
臺東 |
建農 |
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知本祈禱所 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
臺東 |
建業 |
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漁人祈禱所 |
東南區 |
臺東小區 |
臺東 |
蘭嶼 |
紅頭 |
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臺東教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
臺東 |
興國 |
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華源教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
太麻里 |
華源 |
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太麻里教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
太麻里 |
大王 |
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大武祈禱所 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
大武 |
大武 |
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金崙教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
太麻里 |
金崙 |
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良溪教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
太麻里 |
多良 |
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土坂祈禱所 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
達仁 |
土坂 |
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加津林祈禱所 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
大武 |
大竹 |
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豐南教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
富里 |
豐南 |
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池上教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
池上 |
福原 |
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德高教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
關山 |
德高 |
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月美教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
關山 |
月眉 |
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瑞源教會 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
鹿野 |
瑞源 |
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延平祈禱所 |
東南區 |
鐵路小區 |
臺東 |
延平 |
桃源 |
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資料來源：
真耶穌教會網頁http://www.tjc.org.tw/Home/Index?gpid=4
