基督教長老會教堂在臺灣東部村落分布的密度極高，它是最早傳入東部的基督教派。
基督教長老會傳入臺灣始於同治4年（1865）5月28日，英國英國長老會差會派遣的蘇格蘭的醫學博士馬雅各醫生在打狗（高雄）登陸，同行的有杜嘉德（Rev. Carstairs Douglas）和威利（Rev. Alexander Wylie）兩位牧師，6月16日在臺灣府城西門外看西街租屋設教行醫。
同治6年（1867）12月13日首任駐臺牧師李庥（Rev. Hugh Ritchie）和夫人抵達打狗，光緒元年（1875）李庥搭戎克船到寶桑（臺東市），在附近原住民部落施醫傳教，4月8日抵達成廣澳，探訪成廣澳平埔八社，11日前往彭仔存，受到當地頭目的歡迎，第二天為安息日，李庥牧師在頭目家屋前院，舉行露天禮拜，很多平埔族人前來接受福音，揭開基督教長老會在東部傳教的歷史。
光緒3年（1877）春天阿猴（屏東）里港教會西拉雅族人張源春從西部遷來，在蟳廣澳（小港）登陸，借住石雨傘社頭目家，剛好頭目患哮喘病嚴重，幾已藥石罔效，張源春告訴他信靠耶穌必得醫治，取一杯水禱告後讓他喝下，竟然不藥而癒，被稱為「祈禱水神蹟」。之後他繼續用祈禱水醫治病人，有三、四十戶信主，成立石雨傘教會，同年還成立了迪階教會（觀音山教會、加蜜山教會）和石牌教會（富里教會）。
最初教會公報稱石雨傘教會為蟳廣澳教會，光緒12年（1886）重新命名為石雨傘教會，光緒14年（1888）的大庄事件造成的族群衝突使得石雨傘教會因而沒落，明治34年（1901）12月巴克禮第三度到石雨傘，教會才逐漸恢復，明治38年（1905）教會有六、七十人，計劃興建新的教堂。昭和12年（1937）中日戰爭爆發，日人對宗教的控制趨嚴，石雨傘教會轉入地下秘密聚會。戰後高篤行牧師到新港招集信徒重建教會，改名為新港教會。
石雨傘教會為基督教長老會在東部建立的第一座教會，為東臺灣宣教之始，因此石雨傘成為基督教長老會東臺灣宣教的紀念地。原位於石雨傘公路西邊台地海蝕柱附近的教堂已經不存，現在石兩傘島礁的最頂點建有基督教東傳紀念公園，綠地平整、椰影婆娑，民國66年（1977）臺灣基督教長老教會東部中會在此設立「宣教百週年紀念碑」。
紀念碑一面刻「東台灣設教百週年紀念碑」幾個大字，一面刻有「東部台灣福音傳播簡史」：「1875年3月24日，李庥牧師出發訪問東部。4月3日登陸寶桑（台東）傳道。4月10日登陸蟳廣澳（石雨傘）。4月12日在彭仔存主日禮拜。1877年年初，阿里港一信徒遷到，蟳廣澳發生『祈禱』事件。1879年12月11日接東部信徒申請書，因已有三處地方聚會。1880年11月25日東部第一位傳道師胡古先生已到任。1881年4月巴克禮牧師到東部洗禮。」「台灣東部設教百週年紀念碑文」如下：「台灣東部，昔稱後山，蓋因高山橫阻，與西部隔絕，交通不便，而開發落後。幸蒙恩主不棄，早於百年前既有福音傳人恩澤吾民，誠可慶可頌也，乃誌此碑文，永銘主恩。始者主曆一八七七年，有屏東阿里港基督傳教徒張源春遷居台東縣成廣澳，既今成功鎮附近，住酋長家中，該酋長患氣喘病，久受其苦，惟賴吸食鴉片茍活，經張氏憑信心以祈禱後之清水治癒，酋長遂歸正信主，類此神蹟復現數次，終有四十戶人棄佛像歸向真神，既而設立石雨傘教會，乃東部教會由茲始也。日後張氏遷居深山，福音亦隨之越過海岸山脈而傳至石碑（今富里觀音山一帶），所謂『祈禱水』亦盛行，兩年後既有三處固定聚會禮拜，其中兩處且建堂。是時台南教士會接獲東部報告，並應求於一八七九年派遣傳道師胡古先生前來牧會四個月，此既東台灣第一位傳教師也。一八八一年四月初英籍宣教師巴克禮博士由西部乘船至成廣澳一帶訪問教會並主持聖禮與恭守聖餐，鼓勵信徒，並見過酋長等因祈禱水而治癒者，無不感念不已。教會綿延及今，歷代聖徒再接再厲，成果豐碩，今欣逢百年，乃追溯發韌之史蹟，立此石碑緬懷主恩，期吾同道，繼往開來，擴展神國，造福桑梓，幸乎不辜負吾主託付，特此銘誌。台灣基督長老教會東部中會謹識。主後一九七七年八月廿四日。」
基督長老教會在東部山地的傳教必須提到姬望‧依娃爾（Chiwang‧Iwal），姬望53歲受洗，是太魯閣族中第一位受洗的基督徒，58歲隨孫雅各牧師到淡水婦女聖經學校（淡水婦學堂）求學，8個月後受北部女宣道會派遣回鄉傳教，撐過太平洋戰爭日本殖民政府的禁教，將福音傳入太魯閣族和布農族的部落。
下表為花東兩縣的基督教長老會教會，可看出原住民中會佔多數，也可看出某些鄉鎮的教會數較少，例如綠島完全沒有，池上、關山亦不多，和原住民人數多少有關。
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花蓮縣 |
臺東縣 | ||||
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教會 |
中會 |
所在地 |
教會 |
中會 |
所在地 |
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美港 |
東部 |
花蓮 |
池上 |
東部 |
池上中山路 |
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美崙 |
東部 |
花蓮 |
富興 |
東美 |
池上富興 |
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北濱 |
東部 |
花蓮 |
關山 |
東部 |
關山三民路 |
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花蓮港 |
東部 |
花蓮 |
德高 |
東美 |
關山德高 |
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信義 |
東部 |
花蓮 |
瑞源 |
東美 |
鹿野瑞源 |
|
碧雲莊 |
東部 |
花蓮 |
鹿野 |
東部 |
鹿野龍田 |
|
都信 |
太魯閣 |
花蓮民勤里 |
巴拉雅拜 |
東美 |
鹿野和平路 |
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主權 |
阿美 |
花蓮德安6街 |
初鹿 |
東部 |
卑南初鹿 |
|
托瓦本 |
阿美 |
花蓮華東 |
稻葉 |
東美 |
卑南嘉豐 |
|
國福 |
阿美 |
花蓮國福里 |
山里 |
東美 |
卑南山里 |
|
進豐 |
阿美 |
花蓮國防里 |
利吉 |
東美 |
卑南利吉 |
|
花布 |
布農 |
花蓮國興1街 |
大南 |
東部排灣 |
卑南東興 |
|
新城 |
東部 |
新城 |
比利良 |
東部排灣 |
卑南東興 |
|
北埔 |
東部 |
新城大漢 |
阿里擺 |
Pinuyumayan |
卑南檳榔 |
|
巴扶以善 |
阿美 |
新城康樂 |
比那斯基 |
Pinuyumayan |
卑南賓朗 |
|
孫理蓮 |
阿美 |
新城嘉里 |
利伽奉 |
Pinuyumayan |
卑南利嘉 |
|
真光 |
阿美 |
新城嘉里 |
里福里福克 |
Pinuyumayan |
卑南初鹿 |
|
慶豐 |
東部 |
吉安慶豐 |
達瑪拉告 |
Pinuyumayan |
卑南泰安 |
|
懷恩 |
東部 |
吉安南昌 |
台東 |
東部 |
臺東廣東路 |
|
南埔 |
東部 |
吉安東昌 |
更生 |
東部 |
臺東杭州路 |
|
東方 |
東部 |
吉安北昌 |
知本 |
東部 |
臺東知本 |
|
慶豐 |
阿美 |
吉安慶豐 |
馬蘭 |
東美 |
臺東臨潼街 |
|
斯達岸 |
太魯閣 |
吉安慶豐 |
康樂 |
東美 |
臺東豐樂里 |
|
美雅麥 |
阿美 |
吉安太昌 |
馬但 |
東美 |
臺東衡陽路 |
|
歌柳 |
阿美 |
吉安吉豐路 |
豐里 |
東美 |
臺東中華路 |
|
宜昌 |
阿美 |
吉安宜昌 |
石山 |
東美 |
臺東富豐里 |
|
田埔 |
阿美 |
吉安南昌 |
加路蘭 |
東美 |
臺東富岡 |
|
東昌 |
阿美 |
吉安東昌 |
新園 |
東部排灣 |
臺東新園 |
|
清水 |
太魯閣 |
吉安福興 |
普悠瑪 |
Pinuyumayan |
臺東 |
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南華 |
阿美 |
吉安南華 |
龍泉 |
布農 |
海端廣原 |
|
布洛灣 |
太魯閣 |
吉安南華 |
錦屏 |
布農 |
海端廣原 |
|
思彼悠 |
太魯閣 |
吉安干城 |
初來 |
布農 |
海端初來 |
|
志學 |
東部 |
壽豐志學 |
新武 |
布農 |
海端新武 |
|
壽豐 |
東部 |
壽豐 |
下馬 |
布農 |
海端下馬 |
|
豐田 |
東部 |
壽豐豐山 |
霧鹿 |
布農 |
海端霧鹿 |
|
池南 |
阿美 |
壽豐池南 |
利稻 |
布農 |
海端利稻 |
|
加拿恆 |
阿美 |
壽豐 |
海端 |
布農 |
海端海端 |
|
豐山 |
阿美 |
壽豐豐山 |
紅石 |
布農 |
海端紅石 |
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溪口 |
阿美 |
壽豐溪口 |
崁頂 |
布農 |
海端崁頂 |
|
月眉 |
阿美 |
壽豐月眉 |
加樂 |
布農 |
海端加樂 |
|
橄樹 |
阿美 |
壽豐鹽寮 |
加拿 |
布農 |
海端加拿 |
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水璉 |
阿美 |
壽豐水璉 |
武陵 |
布農 |
延平武陵 |
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鳳林 |
東部 |
鳳林大同街 |
永康 |
布農 |
延平永康 |
|
中興 |
阿美 |
鳳林中興 |
中野 |
布農 |
延平鸞山 |
|
吉拉卡樣 |
阿美 |
鳳林山興 |
下野 |
布農 |
延平鸞山 |
|
鳳信 |
阿美 |
鳳林中正路 |
巴善告 |
布農 |
延平桃源 |
|
森榮 |
阿美 |
鳳林森榮 |
紅葉 |
布農 |
延平紅葉 |
|
大安 |
東部 |
光復中山路 |
樟原 |
東美 |
長濱樟原 |
|
太巴塱 |
阿美 |
光復中正路 |
南溪 |
東美 |
長濱南溪 |
|
帖撒羅 |
阿美 |
光復建國路 |
南山 |
布農 |
長濱南溪 |
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馬太鞍 |
阿美 |
光復大馬 |
大俱來 |
東美 |
長濱大俱來 |
|
加禮洞 |
阿美 |
光復東富 |
真柄 |
東美 |
長濱真柄 |
|
鎮平 |
阿美 |
光復大全 |
長光 |
東美 |
長濱長光 |
|
馬富 |
阿美 |
光復西富 |
長濱 |
東部 |
長濱長濱路 |
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岡界 |
阿美 |
光復大興 |
田組 |
東美 |
長濱田組 |
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光濱 |
東部 |
豐濱 |
永福 |
東美 |
長濱永福 |
|
芭崎 |
阿美 |
豐濱芭崎 |
南湖 |
東美 |
長濱南竹湖 |
|
磯崎 |
阿美 |
豐濱磯崎 |
八桑安 |
東美 |
長濱八桑安 |
|
噶瑪蘭 |
阿美 |
豐濱新社 |
宜灣 |
東美 |
成功宜灣 |
|
宮下 |
阿美 |
豐濱新社東興 |
博愛 |
東美 |
成功重安 |
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豐富 |
阿美 |
豐濱豐富 |
小港 |
東美 |
成功成廣澳 |
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豐濱 |
阿美 |
豐濱 |
忠孝 |
東美 |
成功忠孝 |
|
八里灣 |
阿美 |
豐濱八里灣 |
三仙 |
東美 |
成功三仙 |
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港口 |
阿美 |
豐濱港口 |
芝田 |
東美 |
成功芝田 |
|
靜浦 |
阿美 |
豐濱靜浦 |
新港 |
東部 |
成功中山路 |
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瑞穗 |
東部 |
瑞穗中山路 |
成功 |
東美 |
成功三民 |
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富興 |
阿美 |
瑞穗 |
忠仁 |
東美 |
成功忠仁 |
|
瑞北 |
阿美 |
瑞穗瑞北 |
三民 |
東美 |
成功吉林街 |
|
富源 |
阿美 |
瑞穗 |
和平 |
東美 |
成功和平 |
|
瑞良 |
阿美 |
瑞穗中山路 |
嘉平 |
東美 |
成功嘉平 |
|
梧繞 |
阿美 |
瑞穗鶴岡 |
都歷 |
東美 |
成功都歷 |
|
鶴岡 |
阿美 |
瑞穗鶴岡 |
小馬 |
東美 |
成功小馬 |
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自強 |
阿美 |
瑞穗瑞美 |
泰源 |
東美 |
東河泰源 |
|
奇美 |
阿美 |
瑞穗奇美 |
北源 |
東美 |
東河北源 |
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奇美 |
布農 |
瑞穗奇美 |
美蘭 |
東部 |
東河北源 |
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迦南 |
阿美 |
瑞穗舞鶴 |
東河 |
東美 |
東河 |
|
舞鶴 |
阿美 |
瑞穗舞鶴 |
隆昌 |
東美 |
東河隆昌 |
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玉里 |
東部 |
玉里和平路 |
興昌 |
東美 |
東河興昌 |
|
玉山 |
阿美 |
玉里永昌 |
都興 |
東部 |
東河都蘭 |
|
下德武 |
阿美 |
玉里德武 |
都蘭 |
東美 |
東河都蘭 |
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能雅 |
阿美 |
玉里德武 |
太麻里 |
東部 |
太麻里大王 |
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春日 |
阿美 |
玉里春日 |
新香蘭 |
東部排灣 |
太麻里香蘭 |
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馬太林 |
阿美 |
玉里春日 |
金崙 |
東部排灣 |
太麻里金崙 |
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呂福 |
阿美 |
玉里松浦 |
溫泉 |
東部排灣 |
太麻里溫泉 |
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松浦 |
阿美 |
玉里松浦 |
多良 |
東部排灣 |
太麻里多良 |
|
瑪谷達璦 |
阿美 |
玉里松浦 |
大溪 |
東部排灣 |
太麻里大溪 |
|
督旮薾 |
阿美 |
玉里觀音 |
新興 |
東部排灣 |
金峰新興 |
|
高寮 |
阿美 |
玉里觀音 |
正興 |
東部排灣 |
金峰正興 |
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加蜜山 |
阿美 |
玉里觀音 |
嘉蘭 |
東部排灣 |
金峰嘉蘭 |
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坪頂 |
太魯閣 |
玉里東豐 |
賓茂 |
東部排灣 |
金峰賓茂 |
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樂合 |
阿美 |
玉里樂合 |
歷坵 |
東部排灣 |
金峰歷坵 |
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安通 |
阿美 |
玉里安通 |
愛國埔 |
東部排灣 |
大武大竹 |
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東里 |
東部 |
富里東里 |
大竹 |
東部排灣 |
大武大竹 |
|
東竹 |
東部 |
富里竹田 |
加拿美 |
東部排灣 |
大武大竹 |
|
富里 |
東部 |
富里中山路 |
加津林 |
東部排灣 |
大武大竹 |
|
復興 |
阿美 |
富里東里 |
大鳥 |
東部排灣 |
大武大鳥 |
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達蘭埠 |
阿美 |
富里新興 |
大武 |
東部排灣 |
大武 |
|
吉拉米代 |
阿美 |
富里豐南 |
加羅板 |
東部排灣 |
大武大武 |
|
布尼克 |
太魯閣 |
秀林和平 |
古庄 |
東部排灣 |
大武尚武 |
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和中 |
太魯閣 |
秀林和中 |
南興 |
東部排灣 |
大武南興 |
|
和仁 |
太魯閣 |
秀林和仁 |
台坂 |
東部排灣 |
達仁台坂 |
|
谷牧紀念 |
太魯閣 |
秀林崇德 |
新化 |
東部排灣 |
達仁新化 |
|
姬望（芝苑）紀念 |
太魯閣 |
秀林富世 |
達仁 |
東部排灣 |
達仁 |
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太魯閣 |
太魯閣 |
秀林民樂 |
安朔 |
東部排灣 |
達仁安朔 |
|
砂卡礑 |
太魯閣 |
秀林民樂 |
森永 |
東部排灣 |
達仁森永 |
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陶樸閣 |
太魯閣 |
秀林民有路 |
紅頭 |
達悟區會 |
蘭嶼紅頭 |
|
秀林 |
太魯閣 |
秀林 |
漁人 |
達悟區會 |
蘭嶼漁人 |
|
波拉旦 |
太魯閣 |
秀林三棧 |
椰油 |
達悟區會 |
蘭嶼椰油 |
|
景美 |
太魯閣 |
秀林加灣 |
朗島 |
達悟區會 |
蘭嶼朗島 |
|
大山 |
太魯閣 |
秀林佳民 |
東清 |
達悟區會 |
蘭嶼東清 |
|
格督善 |
太魯閣 |
秀林佳民 |
銀野 |
達悟區會 |
蘭嶼銀野 |
|
吾耀 |
太魯閣 |
秀林佳民 |
|
|
|
|
威朗紀念 |
太魯閣 |
秀林水源 |
|
|
|
|
銅門 |
太魯閣 |
秀林銅門 |
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|
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文蘭 |
太魯閣 |
秀林文南 |
|
|
|
|
米亞丸 |
太魯閣 |
秀林米亞丸 |
|
|
|
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重光 |
太魯閣 |
秀林重光 |
|
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|
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西林 |
太魯閣 |
萬榮西林 |
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清溪 |
太魯閣 |
萬榮 |
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見晴 |
太魯閣 |
萬榮見晴 |
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魯巴斯 |
太魯閣 |
萬榮 |
|
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利華 |
太魯閣 |
萬榮明利 |
|
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明利 |
太魯閣 |
萬榮明利 |
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馬遠 |
布農 |
萬榮馬遠 |
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大馬園 |
布農 |
萬榮馬遠 |
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東光 |
布農 |
萬榮馬遠 |
|
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紅葉 |
太魯閣 |
萬榮紅葉 |
|
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崙太 |
太魯閣 |
卓溪崙山 |
|
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崙山 |
布農 |
卓溪崙山 |
|
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|
思窪撒爾 |
太魯閣 |
卓溪立山 |
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道賽 |
太魯閣 |
卓溪山里 |
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太平 |
布農 |
卓溪太平 |
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中興 |
布農 |
卓溪中興 |
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中平 |
布農 |
卓溪中平 |
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卓溪 |
布農 |
卓溪 |
|
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卓樂 |
布農 |
卓溪卓清 |
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清水 |
布農 |
卓溪卓清 |
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古風 |
布農 |
卓溪古風 |
|
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|
崙天 |
布農 |
卓溪古風 |
|
|
|
|
石平 |
布農 |
卓溪古風 |
|
|
|
