子宮內膜異位症的治療主要是以手術為主，內科治療為輔。其實內科治療多為暫時性或只是症狀治療而已。

而手術治療則以腹腔鏡為主要治療方式。為什麼呢？因為腹腔鏡是在肚臍的地方開一個約一公分的小傷口，從這個小傷口將套管及內視鏡置入腹腔內。這個角度有什麼好處？子宮內膜異位症大部份會發生在子宮後穹窿，形成沾黏，而腹腔鏡則可以看後穹窿看得很清楚，如此可以將子宮內膜異位症及沾黏清除的更為徹底，而止血也比較方便。

因此腹腔鏡可以做：

1. 腹膜子宮內膜異位病灶的燒灼及清除。

2. 沾黏分離。

3. 卵巢巧克力囊腫的囊腫分離及卵巢縫合。

4. 子宮肌瘤或肌腺瘤的切除及子宮縫合。

5. 子宮全切除或次全切除。

除了少數極端的情況之外，腹腔鏡手術幾乎可以完全取代傳統手術了。

而術後，如果是中、重度的子宮內膜異位症，則會再給予6個月的葯物治療，主要是danazol或dimentriose。也可以用長效型的柳菩林治療3-6個月，抑制復發。