神盾局特工第二季劇集依然將延續第一季矛盾重重的情勢，但遠比第一季要黑暗的多。2014年9月23日第二季上半集正式開播，第一集"特工卡特"獻身客串；與此同時，預告片也讓粉絲們有機會一睹部分新成員資深特工“伊莎貝拉”以及“吸收人”的真面容，還有具有特殊能力的仿聲鳥。除此，第二季充滿了各種疑團。復活的Coulson還是原來的Coulson麼，他服用GH-325後究竟看到了什麼；換了發型和S.O的Skye的能順利查探出她的身世之謎麼，之後她將如何發展；被稱為鐵騎的May究竟知道多少Coulson的秘密；而失去了信仰的Ward又將何去何從，他該如何面對May與Skye；受傷的Fitz能否恢復天才大腦，暫時離開作為九頭蛇臥底的Simmons能否逃過被洗腦的命運，GH-325為什麼使千裏眼和Coulson畫出方尖碑上的圖案，而方尖碑又擁有怎樣的力量，Skye的父親究竟是誰，一切謎團等待揭曉。

第1集

 　　神盾局長科爾森尋找084神秘物品

    1945年，卡特特工帶領咆哮突擊隊攻陷九頭蛇基地，繳獲一大批不明物品，存檔編號為084。現在，084號不明物品被九頭蛇組織搶走，新任局長科爾森帶領新的特工小組，欲從九頭蛇手中奪回084號。

    上任不久，科爾森派出幾個手下執行任務，幾個手下在執行任務的過程中遇到一個身份不明的殺手，殺手刀槍不入身手不凡，科爾森的幾個手下雖然個個身手了得，但還是沒有抓住殺手。殺手逃離現場的時候留下了一些不明物質，科爾森的幾個手下拾起不明物質返回總部報到。

    一行人拿著身份卡片穿越總部設置的層層障礙到達核心機要室，科爾森只願意跟梅見上一面。其它幾個手下見梅獲得榮譽與科爾森見面，人人臉上升起羨慕的神色，其中一人憤憤不平也想跟科爾森見上一面。

　　梅來到辦公室中見到了科爾森，科爾森向梅詢問之前行動遇到神秘殺手的經過，神秘殺手刀槍不如非常了得，科爾森暫時無法知道此人的姓名和背景身份，不過，神秘殺手被子彈擊中的時候留下一些不明物品，科爾森的一個手下經過化驗，赫然發現不明物品分離出了一些血液，血液自然來自神秘殺手，經過海量身份名單搜尋，神秘殺手的身份終於曝光。

　　此人名叫克裏爾是一名反動人員，克裏爾擁有不凡的金屬變化能力，肢體接觸到任何金屬物體都會變成同樣的金屬性質，科爾森與手下人研究克裏爾的時候，克裏爾正坐在家中不斷變化自己的身份。

　　經過一番摸除排查，科爾森發現克裏爾會去一所校園襲擊一名長官，長官接到神盾局的電話不以為然，提醒神盾局的人無需保護他，他的身邊有許多身手不凡的保鏢，對付一般的恐怖份子綽綽有余。不過長官想錯了，克裏爾不是一般的恐怖份子，他擁有特異能力不是凡人，長官身邊的保鏢根本不是克裏爾的對手。雖然長官不願意神盾局的人趕來保護他，但科爾森還是派出幾個手下火速趕往校園，幾人來到校園的時候正好遇到克裏爾襲擊長官，幾個名鏢沖著克裏爾開槍，克裏爾安然無恙抓起路邊的鐵鏈向科爾森的一個手下襲來，手下人不敵克裏爾迅速後退，另外幾人趁機向克裏爾射出一種超強電流的子彈。克裏爾中彈跪在地上無法動彈，強大的電流令他喪失了行動能力。

　　長官有驚無險被帶回神盾局審訊，科爾森來到審訊室親自審訊長官。長官已經脫下軍服，衣著普通如同一名囚犯被科爾森審訊。

　　克裏爾逃出神盾局尋找充滿神秘力量的物品，科爾森派出幾個手下來到一處倉庫尋找神秘物品。一名女隊員離開幾個夥伴來到一處箱子旁邊找到了神秘物品，潛伏在倉庫中的克裏爾現身搶奪神秘物品，女隊員轉過身子對著克裏爾的身子擊出幾拳，克裏爾平安無事站在當場。女隊員意識到克裏爾刀槍不入，心中升起一計轉回身子拿出神秘物品想襲擊克裏爾，克裏爾看著女隊員拿起神秘物品，心中一緊就想後退，女隊員拿著神秘物品忽然感受到一股強大的力量吞噬她的手臂，不等她回過神來，神秘物品發出光芒大有即將運行之勢，在克裏爾驚訝的目光中，女隊員痛苦萬分蹲在地上無法扔掉神秘物品，顯然該物擁有吸食功能無法輕易甩掉。

　　幾個隊員聞訊趕了過來，克裏爾心知不能久留，趕緊轉過身子逃走。隊員們見女隊員手臂陰黑一片像是被什麼東西腐蝕，眾人趕緊離開倉庫帶著女隊員往基地方向趕去，基地中有高科技設備的醫療人員，女隊員回到基地才有活命的希望。

　　負責送女隊員回基地的是一個男隊員，二人坐在車上一個痛不欲生，一個崩緊神精向基地方向開車。女隊員無法承受神秘物品的侵蝕力量，痛不欲生要求男隊員砍斷她的手腕，男隊員非常理解女隊員的處境，勸說女隊員再忍忍，只要趕到醫院，醫生一定可以有辦法救回女隊員。 http://www.gdvd.com.tw/index.html

    讓男隊員萬萬想不到的是，克裏爾忽然出現在公路中心擋住了汽車，汽車撞在克裏爾身上翻了幾個跟鬥支離破碎，女隊員死在了車上，她的手腕斷在車外，克裏爾來到車外拿拾起神秘物品，在男隊員恐懼的目光中揚長離去。

第2集

 　　梅看到受傷的亨特，給了他一把工具講自己從翻掉的車解救出來，梅準備追殺克裏爾，但是庫爾森命令她不要固執己見。斯凱告知庫爾森自己在方尖碑上看到了復雜結構，但是庫爾森並不在意。亨特被扔在了路邊，此時托爾伯特出現，將他帶走。菲茲看到正在研究的飛機隱形設備，但是失語癥讓他不能夠正常交流，菲茲因此十分受挫，大家都擔心他回不到從前了。托爾伯特和亨特談條件，亨特答應只要托爾伯特能夠給自己兩百萬和哈特利一個體面的葬禮，自己就將庫爾森交給托爾伯特。

    斯凱找到庫爾森，表達出勤的意願，聽說哈特利和愛達荷已經犧牲之後，堅持要去擒拿克裏爾，庫爾森讓斯凱去打包好哈特利的物件。菲茲因為隱形飛機的事情自責不已，突然間在打印機處看見了克裏爾的檔案。克裏爾正在餐館裏等人，服務員不小心碰到了他的胳膊，最後整個人變成了鋼鐵。在外跟蹤的梅想要報告庫爾森，庫爾森命令她現在就歸隊。亨特責怪庫爾森沒有保住哈特利和愛達荷，但是庫爾森直言都是哈特利自己的錯。

    斯凱正在收拾哈特利的遺物，看到了哈特利和她姐姐的合影。此時亨特趕到，拿走了哈特利的媽媽送給哈特利的一條項鏈。菲茲看到克裏爾的檔案，想出了能夠暫時對付克裏爾的方法。克裏爾回到自己的據點，試圖治好自己胳膊上因為方尖碑留下的傷口。約翰聯系到克裏爾，命令他立馬前往第二個交接點。克裏爾因為約翰不顧自己死活十分生氣，此時蕾娜出現，拿出了卡拜恩寶石。蕾娜聯系到庫爾森，告知他自己在卡拜恩寶石上安裝了追蹤設備，這樣就可以找到克裏爾。通過追蹤，庫爾森定位了克裏爾，克裏爾正在和接頭人交易，此時亨特突襲了自己的隊友，打算自己獨自去殺了克裏爾，但是亨特並沒有得逞，而裝有方尖碑的箱子在混亂中被蕾娜帶走。菲茲提示自己之前已經設計出了能夠中和克裏爾力量的設備。

    克裏爾追殺亨特，庫爾森及時趕到，講菲茲設計的裝備嵌入了克裏爾的背後。哈特利的葬禮上，亨特將那條項鏈還給了哈特利的母親。庫爾森邀請亨特能夠加入神盾局為自己效力，亨特答應。菲茲意識到西蒙斯其實已經消失，自己看到的西蒙斯只是一個幻象。斯凱意識到庫爾森最近不正常，梅找到庫爾森，庫爾森在墻上可除了方尖碑上的復雜符號，而梅則拍了照。斯凱的父親讓蕾娜拿起方尖碑，蕾娜十分害怕，但是方尖碑並沒有傷害她，斯凱的父親讓蕾娜找到斯凱。

    庫爾森找到托爾伯，將克裏爾交給他。庫爾森希望能夠能夠和托爾伯特達成交易，但是托爾伯特覺得神盾局的設備並不夠先進，此時神盾局的隱形飛機出現，帶走了庫爾森，托爾伯特看得目瞪口呆。

第3集

 　　神盾局和九頭蛇組織不遺余力地拉攏成員，對一些有著高超能力的人才更是不惜一切去拉攏，此時，一位有超能力的不明男子走進神盾局和九頭蛇的視線，究竟這名不明身份的男子會為誰所用呢...

第4集

 　　一名教父來到一座教堂裏面，相關工作人員將教父領到教堂一處秘密房間，房間裏面有一幅年代久遠的古畫，教父推測古畫至少誕生於十五世紀。一幅古畫對於教父來說不足為奇，教父更希望相關工作人員能展示更新奇的東西，在教父的提示下，相關工作人員將古畫另一面翻轉過來，教父往古畫背面仔細一看，赫然發現背面出現了一些圖案。   http://www.dvd556.com/index.html

　　古畫引起神盾局的註意，領頭者庫爾森親自出馬帶著梅特工來到存放古畫的樓房參加活動，活動現場人來人往，庫爾森與梅特工扮成一對親密的情侶步入活動現場，梅特工與一些男士談話尋找機會偷古畫，庫爾森來到客廳外面悄悄跟其它手下通話，手下人在通話過程中聽到一陣爽郎的笑聲傳出來，庫爾森意識到是梅特工在客廳與人談笑風生，結束通話之後回到客廳與梅特工繼續尋找機會偷古畫。

　　梅特工跟負責保管古畫的要員談話，庫爾森趁機拿起手機替兩人照相，手機表面上看起來跟普通手機沒有區別，實際上庫爾森在拍照的時候已經攝下了要員的視網膜形狀。拿著保佑要員視網膜形狀的手機，庫爾森與梅特工離開客廳來到地下室成功打開存放古畫的大門，兩人走進密室中分頭行動，梅特工來到一間房子外面發現屋中有人，屋中的女人低頭像是在做什麼事情，梅特工沖進屋中與女人博鬥，女人身手不凡與一個男伴合力制服梅特工，梅特工昏倒在地上不省人事，女人穿上梅特工的衣服往臉上粘好一種高科技裝備變化成梅特工。

　　假梅特工離開地下室回到神盾局找庫爾森，庫爾森正跟幾個手下在談話，假梅特工將庫爾森喚到房間秘談，庫爾森與假梅特工乘車離開基地，一路上假梅特工還伸手搭在庫爾森手背上以示友好，庫爾森見假梅特行為異常，心中升起警疑與假梅特工來到一幢樓房中。

　　假梅特工在談話過程中被庫爾森下套露出真實面目，庫爾森在談話過程中見假梅特工喜歡喝咖啡，立即猜到眼前的假梅特工並非真的梅特工，假梅特工還沒回過神來便挨了庫爾森一拳頭。

　　真梅特工蘇醒過來發現自己已被綁在一張椅子上，一個男人站在梅特工面前殺氣騰騰躍躍欲試，梅特工怒目瞪視男子，男子脫下外衣拿起一根閃爍著電光的電線向梅特工臉上探去。

　　假梅特工與庫爾森陷入到激鬥中，庫爾森雖然已經識破假梅特工的身份，但卻處於下風被假梅特工步步緊逼。  http://www.dvd-dvd.com/

真梅特工掙脫繩索制服了男子，假梅特工在樓房中跟庫爾森激鬥的時候，真梅特工趕了過來幫助庫爾森與假梅特工博鬥，假梅特工身手了得緊逼真梅特工，真梅特工被假梅特工摁倒在桌上，假梅特工得意洋洋認為真梅特工必敗無疑，真梅特工順手抓到電線電死了假梅特工。

　　危險終於解除，梅特工與庫爾森坐在房中談話，對於庫爾森識破假梅特工身份的原因，梅特工百思不解，庫爾森見梅特工糾結於他如何識破假梅特工的身份，輕描淡寫將之前跟假梅特工聊天的經過說了一遍，假梅特工在聊天的時候無意中向庫爾森透露她喜歡喝咖啡，事實上真梅特工最討厭的食物就是咖啡，庫爾森一聽假梅特工喜歡喝咖啡當場便識破了對方的身份，後來真梅特工趕來幫助庫爾森殺死了假梅特工，如果不是真梅特工來得及時，庫爾森也許已經死在假梅特工手中。

　　與梅特工談完假梅特工，庫爾森繼續談論古畫的事情，古畫除了本身的價值以外還包含其它秘密，畫的背面有一些圖案急需被破解。雷納從樓房中走出來回到車上，車上放著一份報紙，報紙上面出現關於古畫的新聞，雷納瞟了一眼報紙發現汽車後座坐了一個男子，男子面無表情坐在後座上，看起來不懷好意，雷納吃了一驚想離開駕駛室，車外又走進來一個男子坐在後座上。

　　面對突如其來的情況，雷納嚇得坐在駕駛室中不敢動彈。進入汽車的後座男子自稱丹尼爾，丹尼爾殺氣騰騰看著雷納，提醒雷納之前拿過他的一些東西，他來找雷納就是為了拿回屬於他的東西。雷納只覺丹尼爾說的話莫明其妙，丹尼爾提醒雷納必須歸還東西，否則她的性命將會不保。

第5集

 　　Coulson和他的團隊將迎接來自HYDRA組織安全主管Bobbi Morse的挑戰——這個美麗、性感但極其可怕的女人就是Marvel漫畫中的著名人物「百舌鳥」（Mocking Bird）。與此同時，Skye的父親強迫Raina不惜一切代價讓他們父女團聚。Adrianne Palicki將在本集中扮演Bobbi Morse，也就是Marvel漫畫中的「百舌鳥」。令人感到奇怪的是，這個漫畫中的超級英雄在本劇中竟然站在敵人的陣營中——她成了HYDRA組織的安全主管(臥底)。Simmons的臥底行動似乎已經暴露，Bobbi Morse正帶人搜查組織內部的「奸細」。目前我們還不知道Adrianne Palicki會演出多少集，但這個角色在漫畫中非常重要（她擁有超級力量和速度，最終成為一名神盾局特工及復仇者聯盟的成員，還和鷹眼Clint Barton產生了愛情關系），她應該不止一集戲份，更不會像Lucy Lawless扮演的角色那樣剛一露臉就死了！

第6集

 　　HYDRA組織冒充神盾局攻擊聯合國，全世界都開始聲討神盾局這個「流氓組織」。與此同時，一個出人意料的敵人給神盾局小組帶來了巨大的挑戰，難道他們的末日真的到來了嗎？看起來不止是神盾局小組，就連Glenn Talbot將軍本集也遇到了大麻煩。但是……第一，他是否能僥幸逃過一劫？第二？他是否相信這些冒牌「神盾局特工」是真正的神盾局特工？Adrianne Palicki將繼續在本集中扮演Bobbi Morse，也就是「百舌鳥」（Mockingbird）。她將第一次穿上全套「百舌鳥」戰術服。值得註意的是，另一段《復仇者聯盟2：奧創紀元》的預告片（與提前泄露的第一段預告片相比，這段預告片中有一些新鏡頭）將在本集的插播廣告中公布。

第7集

 　　神盾局小組發現一些受害人身上存在奇怪的外星象形文字——和Coulson在墻壁上刻畫的文字非常相似。Coulson所有的秘密和謊言都面臨曝光的危險。到目前為止，只有May和Skye知道Coulson「亂寫亂畫」的秘密，但那種情況很快會發生改變。與此同時，那個上集結尾渾身有紋身的角色可能與Coulson存在某種關聯。Adrianne Palicki表示，她所扮演的角色「百舌鳥」（Mockingbird）Bobbie Morse所使用的木棍事實上是泡沫塑料做的，不會傷人。Bobbi和Lance Hunter的婚姻問題會進一步得到解釋——很顯然，Bobbi經常會使用自己的性感外表去執行臥底任務，但這讓Lance很沒有安全感。Bobbi終究會遇到漫畫中的丈夫鷹眼（Hawkeye）——不是在本劇中就是在今後的Marvel電影中。http://www.dvdjy.com/

第8集

 　　Coulson和他的團隊為揭開一個古老的秘密與Hydra組織爆發激烈對峙。Ward綁架了哥哥ChristianWard參議員（TimDekay），兩兄弟被迫回憶起不堪回首的往事。另一方面，Coulson帶著他的團隊前往夏威夷執行一項特定的、不同尋常的任務。HayleyAtwell扮演的卡特探員（AgentPeggyCarter）本集將再次出現，她將與ReedDiamond扮演的「北海巨妖」DanielWhitehall（WernerReinhardt）過招。此外，Skye的父親（KyleMacLachlan）亦將出現。LouFerrignoJr.將扮演Hauer探員——有趣的是，LouFerrignoJr.的父親LouFerrigno是第一個扮演綠巨人的演員，他們父子倆如今都成了Marvel大家族中的成員。http://www.bestdvd.com.tw/

第9集

 　　Rinna被hydra跟蹤，可被神盾局的特工解救並稱：“庫爾森找你”Rinna被關押在神盾局的飛機上，並告訴Skye本劇一直以來成謎的藍色外星人來自Kree，也是他們留下了方尖碑，用以挑選出值得統治地球的人。另一邊，尋找方尖碑上的城市的庫爾森小組找到了通往神秘城市的通道，那裏以鬧鬼著稱。通往秘密城市的洞很深，有100英尺。放下去的無人機沒了信號，他們讓Mike下去察看，可沒想到Mike碰上了外星筆記，發了瘋一樣。被解救上來後，只說了句：“Run！”就變了個人似的，到處傷人。還好芭芭拉用電棍將Mike擊倒，可Mike掉入了深洞，庫爾森命令立即封鎖隧道，“那不是Mike！”而另一邊飛機上，神盾局的飛機竟被Hydra的昆式戰機圍攻。Ward要求將Rinna和Skye跟他走。因此沒有炸掉神盾局的飛機。Agent33（偽裝成May的人）跟Whitehall報告情況，可剛報告到Ward沒有炸掉神盾局的飛機時，Whitehall要求Agent33下令她的手下去炸飛機。    http://www.dvdtt.com/index.html

第10集

 　　九頭蛇欲將神盾局的飛機炸掉，可May機智的躲避了九頭蛇的襲擊並返回秘密城市。Skye被Ward帶到九頭蛇總部，Skye見到了她的爸爸，她的爸爸告訴Skye自己加入九頭蛇的真正原因——是為了報復Whitehall，這天終於到了。庫爾森小組發現九頭蛇在一座劇院裏挖洞，想要進入秘密城市。Whitehall要Skye將方尖碑拿起，竟安然無恙。Fitz、Simones、Trips穿著防護服進入秘密城市安放炸彈，而Skye竟開槍打傷Ward！庫爾森把Whitehall殺死了，可Skye的爸爸說：“你搶了我的東西！”便打得不可開交。Rinna拿著方尖碑進入了秘密城市，Skye和庫爾森前去追趕，Trips趕忙去拆炸彈。Rinna、Skye、Trip被關閉在一個封閉的空間，只見方尖碑立在一個圓柱上，打開了，一朵晶體展現出來，隨後便發出一個沖擊波，不一會兒，他們就變成了石塊，可Skye成功掙脫，但Trip就碎石般的瓦解了。一個沒有眼睛的人說：“有新人來了！”