存證信函的運用，有1.基於法律規定或2.當事人間的約定而一定要做的，也有3.基於法律事實的演變而不得不做的；也有用來聲明自己立場的，然而多數運用的時機是用在最後通牒的場合。
一旦雙方的互動出了狀況，進而衍生為法律問題時，存證信函就有可能在這個階段彰顯其舉足輕重的地位，所以我們也就可以理解到一般人為什麼不喜歡收到或寄發存證信函的原因了。
現在就以借貸的案例來說明存證信函的運用時機：
案例：假設張三在2007年10月01日打算向李四借款10萬元，並講好年底（即2007年12月31日）還錢，看在多年的交情上，李四既不要求張三簽寫借據或提供本票、支票供作擔保（所謂的票保），也不算他利息，於是把錢借給了張三。
狀況一：時間是2007年12月15日，李四擔心張三屆期不還，想提醒張三記得還錢，他可以用存證信函，寫明如下的內容，「通知」張三：
張三鈞鑒：台端於2007年10月1日向本人借款新台幣十萬元整，言明年底返還，茲期限將屆，務請台端於2007年12月31日前返還借款是禱。
狀況二：時間是2008年1月2日，李四擔心的事果真發生了，張三逾期沒還錢，李四覺得張三不講信用，這時他可以用存證信函，寫明如下的內容，「警告」張三：
張三鈞鑒：台端於2007年10月1日向本人借款新台幣十萬元整，言明年底返還，茲已逾還款期限，請於文到三日內儘速清償借款，否則依法起訴追償，切勿自誤。
狀況三：由於雙方有多年的交情，如果張三只是一時經濟拮据，以致於無法依限清償欠款，他在收到李四寄發的存證信函後，也可以用存證信函，寫明如下的內容，表明自己的立場：
李四鈞鑒：本人前向台端借款新台幣十萬元整，雖言明年底還錢，然因……（敘明理由），所以未能如數清償，基於彼此多年的情誼，懇請寬延數日，他日定當加計利息奉還。
按常理，一般人在狀況一的階段寄發存證信函的可能性不大；最常用到存證信函的時機，還是在狀況二的階段，也就是我們前面曾提及的「基於法律事實的演變而不得不做」的態樣；至於狀況三的情形，用意雖在表明自己的立場，但對方未必接受，除非另有積極的事證可以推翻對方的不實指控（比方說錢已經還了，有還錢的收據可以證明），否則效果也是不大。
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