實際上許多HPV和生殖器疣的病例會自行清除，雖然並不總是這樣。許多暴露於HPV的人從未表現出與生殖器疣有關的任何症狀或問題。暴露於HPV並且不顯示出症狀的人仍然可以通過無保護的性接觸傳播感染。

從醫生那裏獲得診斷後，患者可能會收到用於治療生殖器疣的幾種常見局部霜劑之一。按照指示使用，盡可能有效地治療感染症狀。以下是患者可能收到的一些常見的局部治療藥膏。請注意，這些藥膏通常很貴，不在保險範圍之內。

“Podofilox”。Podofilox（泊多沙芬）或Condylox（禾草靈）是通常以凝膠形式施用於受影響區域的溶液。它需要使用幾個星期，直到疣掉下來。它能夠清除約45％-90％的疣，雖然研究表明疣可能會在30％-60％的病例中再次出現。

“咪喹莫特”。Imiquimod（咪喹莫特）或Aldara是局部免疫反應藥膏。它可以用來治療疣，與Podofilox相比它引起的刺激更少。在70％-85％的病例中，初始疣可被去除，但在5％-20％的病例中疣會復發。

“Veregen”和“Polyphenon E”。這些是從綠茶和其他成分提取的軟膏。它們由FDA批准，用於對抗生殖器疣。