漁會法限定漁民須加入戶籍所在高雄區漁會，但小港區漁會是獨立性區漁會，漁民為孩童就學問題臨時遷離戶口，隨即被高雄區漁會「除會」；加上老年農民年金發放的暫行條例限民國87年11月11日後，不得中斷勞保，即使一天也不行，否則即失去甲類會員資格，漁民被「出會」即等同喪失未來領取年金資格，此舉無異與憲法保障人民遷徙自由牴觸；南部中心將代漁民反映相關單位改究改善之道。

制外籍漁工比照本國漁工，加入勞健保問題，漁民也抨擊不斷，指迫使漁船主須為外籍漁工負擔七成勞保費，無異讓生產困境的漁產業雪上加霜。這是全國漁民普遍關切及不滿的心聲，勞委會已暫緩實施，將再通盤檢討。

部分漁民希望距岸3至12浬海域內，開放50噸以上漁船(CT4)捕魚問題，部分縣市政府反對開放，由於漁業界尚無共識，目前仍將依法執行。