由於史上空前的大災難「第二次衝擊」突然發生，因而造成人類近半數死亡，世界各地都留下了嚴重破壞的痕跡。經過一段長時間的修生養息之後，大家都認為平靜的日子即將恢復。 一名14歲少年?碇真嗣被父親叫到了第3新東京市，等待著與父親見面。此時，在他眼前的山林間突然出現了巨大的生物！那是被稱為「使徒」的神秘存在。不久，聯合國軍隊隨即與使徒展開激烈交戰，一旁的真嗣遭到戰鬥的爆風波及，面臨生死存亡的危機，最後幸運地被一個名叫「葛美里」的女子所救。 真嗣搭乘美里的車來到了特務機關NERV本部，並在這裡與相隔10年未見面的父親重逢。然而真嗣的父親?碇源堂所做的第一件事，卻是讓真嗣看他秘密研發的巨大人型兵器，並強迫真嗣與使徒作戰。這就是真嗣和人造人福音戰士「初號機」的第一次邂逅。 真嗣雖然不願從命，但是當他看到女駕駛綾波零負傷後，終於放棄逃避的念頭，決定出擊。在完全沒有接受訓練的狀況下，首次駕駛EVA初號機的真嗣與使徒陷入了對峙。 背負著全世界命運的14歲少年真嗣，他究竟要如何戰鬥？而隱藏在第二次衝擊中的關鍵字「人類補完計劃」究竟又是什麼？ 掌握一切謎題關鍵的碇源堂，在一旁冷眼盯著真嗣的苦戰…… 映像特典： AR腳本檔案