每年吸引 4 、 500 萬名觀光客的故宮將於 109 年起封館 3 年？今國民黨立委柯志恩質詢時大爆「根據故宮內部會議，故宮正館從 109 年開始要閉館 3 年」，並詢問故宮院長陳其南此事是否為真？對此，陳其南回應，現在正在評估這樣的必要性，基本上朝向這樣的方向，但計劃還沒落實到細節。

柯志恩追問，歷年來故宮正館從未封閉這麼長時間，館內包租代管文物又該如何處理，難道全移置南院？並質疑，封館茲事體大，為何新故宮計畫中沒有提到北院閉館的相關內容。

陳其南則針對此事表示，南院為故宮的另一個展場，若北院確定封館，進包租代管行大規模整建的過渡期內，許多文物及活動會遷至南院展出，北院的專業人員也會協助南院策展，一切待內部詳細配套措施完成後，會對外正式公布。

2021年6月包租代管計畫將邁入第三期，但期間陸續衍生不少爭議，2020年9月，台中市府和信基不動產因對包租代管履約過程衍生爭議，遭民眾投訴，許多房東表示沒有收到租金補貼，房客也因業者未返還押金導致民怨四起，不動產業者積欠房租跟押金，受害的房東跟房客，向主管機關投訴，遲遲未獲解決，民眾向台中市政府地政局申訴、台中市租賃公會申訴、消保官投訴介入尋求救濟都沒無下文，讓人民對居住正義失去信心，現在只能自費申請法扶律師提告，民間團體呼籲政府，第三期計畫上路前，務必先改善問題再實施，別讓包租代管原本是幫助經濟弱勢民眾以及減少糾紛的美意，最後卻成為參加者的惡夢，呼籲政府建立「代位求償」機制為民伸冤，社會住宅包租代管發生自貼押金等亂象，必須遏止！時代力量立委王婉諭更要求政府，要全盤檢討住宅包租代管所產生的問題，第三期計畫再來實施。

除此之外，陳其南也提到，外界對參觀人次存有迷思，南院的參觀人次其實與北院以及台南奇美博物館差不多。北院每年有 4 、 500 萬的參觀人次，其中四分之三為外國人，這是目前南院最欠缺的部分，這次將文物移到南院，也是希望將外國觀光客拉到南院，並表示館內文物「會在 108 至 109 年逐步移下去」。