海軍是國軍的海上武裝力量，以海軍司令部為首，轄下有艦隊、潛艦、陸戰隊、海軍官校等單位，共有3萬8千餘人，其中操控艦艇的軍種為海軍艦艇兵，也就是大家通稱的海軍，而負責地面作戰、兩棲作戰、船上作戰的軍種為海軍陸戰隊，簡稱海陸。主要武器裝備以主作戰艦、輔戰艦艇、潛艦、陸戰、空中等核心戰力為主，以建立現代化海軍，並以「高效質精、快速部署、遠距打擊」之海軍戰力為目標，包括反封鎖能力、保存戰力等等。
《國防報告書》指出海軍的任務是：「平時台海偵巡，確保海域安全，主動協助地方災害防救；戰時聯合友軍遂行反制與阻敵對我之海上封鎖或武力進犯，以維護台海對外航運暢通，確保國家安全。」
海軍艦艇兵的訓練中心位於高雄市左營區的海軍新兵訓練中心，後備陸戰旅位於屏東縣內埔鄉的龍泉營區。
中華民國國防六法通過後，原後備陸戰旅交由海軍司令部經營，民國101年12月28日開始，更名為「海軍陸戰隊新兵訓練中心」。
歷史
中國自古即有專師水面作戰的水師，其中有各種不同功能的船艦如補給艦、運兵艦、補水船等，並有專師各種江湖或近海、遠海作戰的戰艦。然而，真正具規模的近代化海軍則源自清朝後期。
清朝海軍在教育時期甚早吸收西方思想，因此在1912年中華民國成立後，當時清廷海軍大多認同辛亥革命理念，並加入了海軍的行列。但是在中華民國早期因軍閥割據的原因，海軍建軍腳步始終緩慢，加上海軍內部也因支持軍閥不同以及訓練來源差異衍生出多個派系（閩系、青島系、東北系、電雷系），其中馬尾海軍學校的閩系因成立歷史悠久，加上支持國民黨因此在抗日戰爭前始終為最大海軍派系，各系間彼此間因爭奪中國海軍的主導權始終明爭暗鬥；直到抗日戰爭日本將中國海軍近乎全滅，國民政府得以整頓既有勢力。
1946年，以「四海一家」為口號的海軍軍官學校於上海成立。政府遷台後，海軍軍官學校遷至高雄市左營區。
海軍與其他國家一樣，有分為海軍艦艇兵與海軍陸戰隊，海軍陸戰隊屬於海軍司令部管轄，與一些國家的海軍陸戰隊為獨立軍種不同。
自強運動時期
在第一次英法聯軍之役時，英法海軍以65艘蒸汽鐵甲戰艦對清廷水師300艘以上的舊式木船。清軍除了海岸砲台稍能發揮拒敵的功用外，舊式水師在海戰中完全無用。清廷理解到目前的木造船艦與船艦技術比西方各國還要落後許多，所以在自強運動中計畫建立新式海軍。在太平天國之亂時，因為太平軍將自美國購買新式砲船，所以清廷緊急自英國購買戰艦，成立阿思本艦隊。然而，由於艦隊司令和清政府對指揮權、用人及花費等各方面皆出現嚴重分歧，最終解散艦隊。
在自強運動時期，曾國藩及左宗棠等人創意籌備建立新式海軍，並成立江南製造局及福州船政局來建造新式海軍。沈葆楨更積極成立海軍學校船政學堂來培育海軍人才，該校畢業生不少成為北洋艦隊的高級將領。在當時，大清海軍已成立福建水師、廣東水師以防禦南海。為了建設新式海軍，大清海軍計劃分為三個艦隊：北洋艦隊負責山東及以北之黃海、南洋艦隊負責山東以南及長江以外之東海，廣東水師則負責福建及南海。後來由於同時建立北洋及南洋艦隊使經費不足，所以先將重點放在守衛京師的北洋艦隊。這使得南洋艦隊的軍力不如北洋艦隊。
南北洋艦隊時期
大清帝國建立的海軍是世界前十強的，其中北洋艦隊的「定遠」「鎮遠」鐵甲艦更是號稱「遠東巨艦」，是當時遠東噸位最大、火力最強的艦隻。但在經歷中法戰爭及甲午戰爭後，南洋艦隊與北洋艦隊陸續崩潰。主因是清廷沒有持續更新海軍軍艦及裝備，經費反而挪用至修建頤和園，導致大清海軍輸給法國、日本的新式艦隊。當時的海軍人才在思想與素養也未足，戰術運用不如日本、法國。而後，清廷將剩餘海軍改編為巡洋艦隊及長江艦隊。至辛亥革命為止，清廷皆努力重建海軍。一直到立國後，海軍的發展進入停滯不進的狀態。
軍閥時期。中華民國建立後，由於經費不足、軍閥混戰，使得海軍發展進入停滯期。直到北伐完成後，於十年建設期間，海軍才有較大規模的建艦計劃。期間由於中華民國參與第一次世界大戰成為勝利國，使得當時海軍獲得第一批戰利艦。與此同時，由孫中山領導的各政權也曾多次策劃北洋政府海軍起義，比較著名的有肇和艦起義和護法艦隊事件。
1912年北洋政府設海軍部，統轄的艦隊有：
- 海軍第一艦隊
- 海軍第二艦隊
- 海軍練習艦隊
1926年北洋政府海軍部統轄的艦隊有：
- 海軍第一艦隊
- 海軍練習艦隊
- 渤海艦隊（在山東沿海）
- 東北海防艦隊（在遼東半島沿海）
1927年海軍部撤銷，改立海軍署後，北洋政府統轄的艦隊有：
- 海軍第一艦隊（原東北海防艦隊）
- 海軍第二艦隊（原渤海艦隊）
海軍第一艦隊司令沈鴻烈1927年合併海軍第二艦隊，將兩個艦隊與江防艦隊合組為東北海軍聯合艦隊。
該時期除中華民國的中央政府——北洋政府統轄的艦隊之外，還曾先後有以下艦隊存在：
- 北伐艦隊（1911年中華民國南京臨時政府的海軍艦隊）
- 廣東艦隊（成立於清朝末年。後1917年護法艦隊來投）
- 西征艦隊（1927年國民革命軍西征唐生智時組建）
1927年至1928年北伐軍海軍下轄艦隊有：
- 北伐軍海軍第一艦隊
- 北伐軍海軍練習艦隊
- 北伐軍海軍魚雷游擊隊
中央海軍時期。早在中華民國建立時，為了持續發展海軍，而成立海軍署。1928年北伐勝利後，1928年12月1日，國民政府在國民政府行政院軍政部之下設立海軍署，任命陳紹寬為署長。該署下置總務處和軍衡、軍務、艦械、教育、海政五司。1929年南京國民政府將海軍署擴建為國民政府海軍部，下設總務廳及軍衡、軍務、艦政、軍械、海政、軍學等六司，並開始培養海軍。初期艦隊約44艘，排水量3萬餘頓；至抗戰前夕，艦隊增至58艘，5萬餘噸。
1928年中央海軍下轄：
- 中央海軍第一艦隊
- 中央海軍第二艦隊
- 中央海軍練習艦隊
- 中央海軍魚雷游擊隊
- 中央海軍巡防隊
- 中央海軍測量隊
1928年東北易幟後，東北海軍下轄：
- 東北第一海防艦隊
- 東北第二海防艦隊
- 吉黑江防艦隊
1930年國民政府轄海軍艦隊如下：
- 海軍第一艦隊（隸屬國民政府海軍部）
- 海軍第二艦隊（隸屬國民政府海軍部）
- 海軍練習艦隊
- 海軍巡防艦隊
- 海軍第三艦隊（原東北海軍）（隸屬國民政府行政院軍政部）
- 海軍粵海艦隊（原廣東艦隊）（隸屬國民政府行政院軍政部）
1937年抗戰爆發前，國民政府轄海軍艦隊如下：
- 海軍第一艦隊
- 海軍第二艦隊
- 海軍練習艦隊
- 海軍巡防艦隊
- 海軍測量隊
- 海軍第三艦隊（原東北海軍）
- 海軍廣東江防艦隊（原廣東艦隊）
- 電雷學校快艇大隊（隸屬電雷學校）
抗戰及內戰時期。對日抗戰爆發後，為了節省經費，中央政府將海軍部降為海軍總司令部。而後海軍在日本艦隊攻勢下損失慘重，海岸線的喪失使得海軍僅剩少量炮艦在內河與內湖佈雷，阻撓日軍利用河道將船艦、軍隊及補給深入中國內部。抗戰勝利後，中華民國海軍接收日本降艦數十艘，美國也贈與登陸艦20餘艘、護衛艦數艘，使得海軍得以重建。1946年7月1日海軍署撤銷，改編為海軍總司令部，隸屬國防部。國共內戰爆發後，部份海軍撤出長江，另有大量海軍人員因不認同行憲後新成立的中華民國政府因而脫離中華民國海軍加入中國人民解放軍海軍。1950年中華民國政府撤往台北後，海軍艦隊在多次海戰失利下也分別由舟山群島、海南島撤退，以集中防衛台灣。
1948年至1949年中華民國政府所轄艦隊及各轄艦單位如下（各軍區除外）：
- 海軍海防第一艦隊
- 海軍海防第二艦隊
- 海軍海防第三艦隊（1949年成立，1950年撤銷）
- 海軍登陸艦隊
- 海軍江防艦隊
- 海軍訓練艦隊
- 海軍巡防艇隊
- 海軍海道測量局
- 海軍造船廠
戰後時期。1952年，海軍進行改編，成立驅逐、巡防、掃雷、登陸、後勤等艦隊。由於台灣四面環海，海軍日益重要；所以陸續自美國接收退役軍艦，擴充艦隊，並更新武器系統。現今海軍朝向二代兵力發展，以保衛國家安全。
1996年後，海軍裝備已非50年代可比擬，海峽兩岸的緊張態勢亦日趨緩和。海軍主要任務從面對對岸開始轉向為針對更多元化的新挑戰。
組織:
中華民國海軍司令部部本部單位
- 政治作戰部
- 督察室
- 人事軍務處
- 軍事情報處
- 戰備訓練處
- 後勤處
- 計畫處
- 戰鬥系統處
- 主計處
- 海軍艦隊指揮部
- 一二四艦隊
- 一六八艦隊
- 一三一艦隊
- 一四六艦隊
- 一九二艦隊
- 一五一艦隊
- 二五六戰隊
- 二六一戰隊
- 海蛟大隊
- 海鋒大隊
- 航空指揮部
- 海軍海洋監偵指揮部
- 海軍左營總醫院
- 海軍教育訓練暨準則發展指揮部
- 海軍技術學校
- 海軍新兵訓練中心
- 海軍保修指揮部
- 海軍後勤支援指揮部
- 直屬單位
- 海軍軍官學校
- 海軍造船發展中心
- 海軍通信系統指揮部
- 海軍大氣海洋局
- 海軍勤務指揮部
- 海軍照相情報隊
- 南區人才招募中心
