成立於民國33年冬，為「同盟國中國戰區陸軍總司令部」，時對日抗戰方殷，為配合盟軍作戰，為牽制日本主力於中國及東南亞戰場，於是成立中國戰區陸軍總司令部，總部設於雲南昆明，負責西南戰區陸軍部隊之指揮及整訓責任，

35年6月1日成立於南京,以軍事委員會軍訓部及同盟軍亞洲戰區中國陸軍總司令部合編成. ，軍事委員會改組編成國防部，同時將同盟國中國戰區陸軍總司令部於南京改編為「陸軍總司令部」，當時編制包含總司令辦公室、第一至六署，以及總務、軍械、軍醫等處，軍樂隊隸屬於總務處

38年七月因戡亂移駐廣東，同年九月奉命前進雲貴一帶剿共，十月總司令部遭中共襲擊，至此總部組織暫不復存。

39年4月16日,以台灣防衛司令部改組編成, 陸軍總司令部奉命恢復，於高雄鳳山（現陸軍官校）以臺灣防衛司令部改組編成

九月，遷駐臺北市上海路二段一號營房（現中正紀念堂），軍樂隊正式納入編制，此軍樂隊為一排級編制軍樂隊，以創設於民國三十四年春天對日抗戰之際，駐地位於貴州修文青年遠征軍第二○五師所屬之軍樂隊編成 ，民國三十五年七月，政府為實行精兵主義政策，將全國陸軍予以整編，九月青年遠征軍第二○五師與青年遠征軍第二○四師奉命改編為陸軍整編師第二○五師，兩個師的軍樂隊合併成一支軍樂隊，隨師部移駐湖南來陽 ，全隊編制六十六員。民國三十六年移駐臺灣，民國三十七年十月部隊開赴華北，接替北平防務，在與中共激烈戰鬥後，全師損失慘重，突圍來臺者僅有千餘人，民國三十八年奉東南軍政長官公署指示准予重建第二○五師，擬恢復師之編制，不幸因大陸局勢逆轉，大部份官兵撥編陸軍第八十軍，軍樂隊至遲已於民國三十九年編入陸軍總部軍樂排。

40年六月二十日，美軍軍援顧問團陸軍組組長魏雷上校在參加陸軍獨立第三十二師在湖口實施的檢閱和閱兵式典禮後，提出四項建議，「陸軍總司令部應組織一陸軍軍樂隊，在各師演習完峻時應舉行部隊閱兵式及分列式檢閱，應設法獲得由八十名至一百名軍樂隊之樂器，在美國軍援顧問團中應編有樂隊指揮顧問一人」，國防部在七月十四日發出的（40）綱經字第五○八號代電中，提到陸軍總部當時有軍樂排編制，經國防部第五廳及陸總部研商檢討後，於八月奉國防部之令編成甲種軍樂隊。

61年5月實施北碇演習,遷至桃園龍潭大漢營區

94年一月一日，甲種音樂隊由營級部隊降編為連級部隊，改編為陸軍總部勤務指揮部下轄單位，並改稱為軍樂連。

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