本部於民國48年成軍，

68年擴編成「陸軍飛彈指揮部」，負責台海防空任務﹔

民國93年4月1日為因應台澎作戰需求，配合國軍「精進案」組織變革，納編海軍海鋒大隊編成「飛彈司令部」直屬國防部參謀本部，擔任防空、制海之作戰任務﹔

續於95年1月1日依「長泰專案」將飛彈司令部所屬防空、制海部隊移編空、海軍，改編為「飛彈指揮部」﹔

民國101年2月16日依「泰安專案」以「飛彈指揮部」為母體，整併天弓、鷹式及愛國者等中、高防空飛彈部隊，編成「防空飛彈指揮部」直屬國防部參謀本部。

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