1949年5月19日，台灣省警備總司令部發佈戒嚴令，同年6月蔣介石敗退到台灣。該戒嚴令則維持到1987年7月15日為止，總共長達38年。

戒嚴期間，當時立法院為了防止中國共產黨在台灣擴散、鞏固當權者統治地位以及完成國家建制的工程，通過了《懲治叛亂條例》以及《動員戡亂時期檢肅匪諜條例》，擴充了解釋犯罪的構成要件，縱容情治單位機關介入所有人民的政治活動。國家公權力在長期戒嚴中受到濫用，人民的基本權利完全失去保障。

根據法務部向立法院所提之一份報告的資料顯示，戒嚴時期，軍事法庭受理的政治案件29,407件，無辜受難者約14萬人。然而，據司法院透露 ，政治案件約6、7萬件，如以每案平均三人計算，受軍事審判的政治受難人，應當在 20萬人以上，他們就是「白色恐怖」的犧牲者。（魏廷朝1997，2）

光是以1950年代的前五年為例，國民黨政府在台灣至少殺害了4000個至5000個，甚至於8000個以上的本省和外省的「匪諜」、知識份子、文化人、工人和農民，並將同樣數目的人判處十年以上有期徒刑到無期徒刑。這就是一般所謂的「台灣五零年代白色恐怖」。一直要到1984年12月，最後兩個五零年代的政治終身監禁犯林書揚與李金木，在坐滿34年又7個月以上的牢後，才釋放出獄。

1991年由於廢除《懲治叛亂條例》，以及1992年《中華民國刑法》第一百條的修正，終結了言論叛亂罪的法律依據，在某種意義上可以視為臺灣白色恐怖的真正結束。

對於「白色恐怖」受難人數，白色恐怖基金會呈報行政院的數據，自1999年起至2007年6月底為止，申請補償的件數為八千五百件，已領補償金者為一萬三千人。白色恐怖基金會執行長倪子修表示，這些只是領取受難補償的人數，並非確切受難人數。

至2009年7月的白色恐怖基金會的確實統計，台灣在228事件後期到解嚴後兩年的白色恐怖共43年期間，因思想、言論涉及叛亂罪，被依動員戡亂時期檢肅條例逮捕受難者有8296人。許多隻身來台的外省人也是白色恐怖的受害者，但他們可能沒有親人替他們追求平反，因此許多相關案情已經消失於歷史。

影響所及，現階段「白色恐怖」一詞常被媒體用以作為指涉「政府濫權」的代名詞。

1940年代

• 四六事件（1948年）
• 楊逵的「《和平宣言》事件」（1949年）
• 鍾浩東、蔣碧玉等人的基隆中學「《光明報》案」（1949年-1951年）
• 澎湖七一三事件：本事件受害者幾乎為山東人，又稱為「外省人的二二八事件」，為白色恐怖時代受害人數最多的單一事件
• 中華民國海軍白色恐怖事件

1950年代

1950年

• 謝瑞仁、林書揚等人的「麻豆案」（1950年）
• 鄧錫章、張伯哲等人的「台中案」（1950年）
• 林清良等人的「桃園案」（1950年）
• 黃紀男、廖史豪等人的「台灣再解放聯盟」案（1950年）
• 1950年1月：台北市工委會案
• 1950年1月：警察界鄭臣嚴案
• 1950年2月：郵電總支部案
• 1950年2月：吳石、朱諶之間諜案
• 1950年3月：汪聲和、李朋案
• 1950年4月：山地工委會簡吉案
• 1950年5月：鐵路支部案
• 1950年9月：台北電信局支部案
• 1950年9月：台北街頭支部案
• 1950年9月：李玉堂中將案
• 1950年11月：台灣青年自治同盟案
• 1950年11月：桃園街頭支部案
• 1950年11月：新竹市社會主義青年大同盟案
• 1950年3月：台中武裝工委會案
• 1950年6月：王臣濱案
• 1950年3月：台中市工委會案
• 1950年7月：王再興案
• 1950年4月：中部山地林祿山案
• 1950年5月：西螺台灣再解放聯盟案
• 1950年9月：朴子蔡瑞欽案
• 1950年10月：阿里山湯守仁案
• 1950年12月：江泰勇案
• 1950年5月：麻豆案
• 1950年10月：南化後掘基地李凱南案
• 1950年1月：新民主主義青年同盟案

1951年

• 李友邦的「台灣獨立革命黨案」（1951年）
• 1951年1月：陳力群案
• 1951年1月：松山傅慶華案
• 1951年2月：軍法處梁鍾濬案
• 1951年8月：台灣獨立黨案
• 1951年1月：龜山陳盛妙案
• 1951年7月：中壢姚錦案（又稱「客家中壢事件」）
• 1951年7月：大溪郭成案
• 1951年10月：桃園無線電台支部案
• 1951年5月：新竹市鐵路支部案
• 1951年8月：台灣獨立黨案
• 1951年2月：陸軍于成志案

1952年

• 黃溫恭的「臺灣省工委會燕巢支部案」（1952年）
• 呂赫若、鄭定國等人的石碇「鹿窟基地案」（1952年-1953年）
• 1952年1月：學術研究會案
• 1952年1月：台大支部案
• 1952年6月：林金木案
• 1952年8月：段澐中將案
• 1952年6月：五結宜蘭中興紙廠案
• 1952年2月：銅鑼黃逢開案
• 1952年6月：銅鑼徐金生案
• 1952年10月：苗栗油廠支部案
• 1952年7月：台灣人民同盟案
• 1952年2月：阿里山李瑞東案
• 1952年2月：阿里山支部案
• 1952年4月：番路台灣前鋒青年協會案
• 1952年1月：佳冬鄭團麟案

1953年

• 1953年1月：大同公司林斯鎰案
• 1953年1月：阮英明案
• 1953年4月：台北司機公會支部案
• 1953年2月：田尾綠幫革命團李書勳案

1954年

• 高一生、湯守仁等人的「高砂民族自治會案」（1954年）
• 1954年3月：台北市木工支部案
• 1954年8月：孫立人案
• 1954年12月：林日高案
• 1954年8月：陳明貴案

1955年~1960年

• 1955年，孫立人兵變案，又稱郭廷亮匪諜案，牽連者約三百餘人。
• 1955年8月：大武陸軍范立志案
• 「任方旭、任顯群案」（1956年）
• 1956年7月：月員林江火社台獨案
• 1958年4月：林文安案
• 1958年4月：海軍台獨案

1960年代

• 雷震、傅正等人的「雷震事件」（1960年）
• 黃紀男等人的「台灣民主獨立黨台灣地下工作委員會案」（1961年）
• 蘇東啟、詹益仁等人的「蘇東啟案」（1961年）
• 陳智雄等人的「同心會案」（1961年）
• 施明德等人的「亞細亞同盟案」（1962年）
• 彭明敏、謝聰敏、魏廷朝等人的「《台灣自救運動宣言》案」（1964年）
• 林水泉、顏尹謨、黃華、許曹德等人的「全國青年團結促進會案」（1967年）
• 陳泉福等人的「台灣大眾幸福黨案」（1967年）
• 李敖「妨礙公務」（1967年）
• 「崔小萍案」（1968年）
• 柏楊的「大力水手事件」（1968年）
• 許席圖等人的「統中會案」（1969年）
• 「陳中統案」(1969年)
• 李義平、高陣明等人的「山地青年團案」(1969年)

1970年代

• 江炳興、鄭金河、陳良等人的「泰源監獄案」（1970年）
• 謝聰敏、魏廷朝、李敖等人的「花旗銀行爆炸案」（1971年）
• 台大哲學系事件（1972年）
• 鄭評等人的「台灣獨立革命軍案」（1974年）
• 呂文華等人的「台灣原住民獨立運動案」（1974年）
• 「白雅燦案」（1975年）
• 「中壢事件」（1977年）
• 「余登發案」（1979年）
• 黃信介、呂秀蓮、姚嘉文、施明德等人的「美麗島事件」（1979年-1980年）
• 「林宅血案」（1980年）

1980年代

• 陳文成事件（1981年）
• 二二八受刑人案（1982年）
• 江南案（1984年）
• 蔡有全、許曹德的「台灣獨立案」（1987年）
• 鄭南榕自焚案（1989）

1990年代

• 陳正然等人的「獨立台灣會事件」（1991年）

該案判決為有罪，此是台灣已經解嚴，而台灣民意也反對以國家暴力反台獨，而民意也逼迫立法院廢除各項限制言論自由的法令。

• 郭廷亮案（1991年）

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