臺灣清治時期始於清朝將領施琅於1683年攻取臺灣，1895年甲午戰爭後割讓給日本帝國為迄，雖從未完整統治全臺灣，但實質統治臺灣的時間計212年。
1684年4月，臺灣西部納入大清帝國版圖，由隸屬福建省之下的臺灣府管轄。清朝政府在統治之初對於臺灣的統治採消極政策，在拓殖臺灣西部的歷程上，不斷打壓平埔族部落及原住民政權，並統治其土地，治臺政策儘量以較低的成本來經營建設，並鼓勵人民開墾，先是將十幾萬在國際競爭時期就已居住在臺灣的漢人強制遣返大清帝國內地原籍，再對內地人移民臺灣嚴格限制，禁止攜帶家眷，但大清帝國沿海省分仍有不少人民冒險偷渡來臺，在臺灣西半部各地落腳定居，後來慢慢開始有向臺灣東部開墾的行列，但為數不多。由於初期清廷派來的官吏素質低、官民間語言的隔閡、以及清廷對臺灣住民的高壓政策等，造成武裝起義或騷擾事件不斷發生，1721年的朱一貴事件、1786年的林爽文事件、以及1862年的戴潮春事件，被稱為清朝統治下臺灣的三大「叛亂案」。然而，朱一貴事件與林爽文事件，打著武裝起義的旗號，實際上乃為燒殺劫掠之盜匪組織，專門魚肉臺灣其他鄉民之持械搶劫暴行。
雍正二年降旨准廣東人移民臺灣，到了18世紀乾隆後期開始出現大量開墾移民，而此臺灣移民又以漳州人、泉州人最多，客家人僅約漳泉人士之四分之一居次。由於先來後到的土地分配衝突而相繼發生分類械鬥，進而影響日後臺灣族群的分布，在此時，漢人不斷侵佔平埔族土地，迫使平埔族漢化或移往高山，接受山地的原住民的庇護。對於此一現象，清治官衙控制力薄弱，無法禁絕遏止，地方官甚至藉漠視泉漳之間、粵閩之間、客閩之間族群內外各方爭鬥與分化，造成兩敗俱傷以削減可能的叛亂力量。這種族群內外文化、生活、語言、地域的對立，造成經濟與文化交流的更加困難。
19世紀中葉以後，隨列強逐步由海路進逼大清帝國，臺灣在1860年起，開放部分港口開放對外通商。鴉片戰爭期間，自1841年9月起英國艦隊數度出現臺灣外海，試圖佔領北部基隆港與西海岸中部梧棲港，但都歸於失敗，這是帝國主義列強對臺灣清治時期第一次武裝入侵的行動。 1874年，日本因琉球人誤闖排灣領土事件，出兵恆春半島，即「牡丹社事件」。這對清廷以往消極的臺灣經營成為一種警訊。清廷在日軍出兵臺灣後的1874年5月27日，迅速派遣欽差大臣沈葆楨來臺，辦理臺灣清朝統治區處海防兼理各國事務，強化臺灣的防衛力量，並革新臺灣行政、以補強政策使臺灣發展。其繼任者福建巡撫丁日昌於1876年來臺灣繼續推行革新，任內設置招墾局，鼓勵閩粵居民來臺開墾，並開辦礦業，以機器開採雞籠煤礦，架設當時中國第一條自建電報線。而清朝亦藉此機會，乘大龜文王國眾軍疲憊之時，入侵王國，並試圖殲滅各地原住民政權，幸未得逞。
1884年，大清帝國與法國因越南爆發清法戰爭，法國軍隊出兵澎湖群島及臺灣北部，使得劉銘傳被清廷重新啟用派往臺灣。劉銘傳在臺灣時多次擊敗法軍登臺的計劃，在滬尾大捷中最終使法軍放棄登臺。1885年，大清帝國將臺灣從福建分離出來升格設立臺灣省，並由劉銘傳出任臺灣首任巡撫。到1891年為止劉銘傳在臺灣設立防禦措施，整理軍備，同時也在臺灣開發和建立了許多基礎設施，他督臺期間臺灣的第一條從基隆到新竹鐵路開通，此外他還建立了電報局、煤務局、鐵路局等一系列管理機構。但是劉銘傳的新政並沒有考慮到官吏的廉潔以及臺灣本身財政負擔的問題，導致臺灣財政負擔大幅增加，清朝官員貪污頻繁，以及人民的反抗。1889年彰化就曾經因為清田賦問題而爆發「公道大王」施九緞事件。
清光緒廿年（1894年）12月唐景崧就任臺灣巡撫；由於清廷在甲午戰爭（光緒廿年，明治廿七年，1894年7月25日～1895年4月17日）的失敗，清廷簽訂馬關條約將臺灣和澎湖之主權割讓給了當時積極向外擴展勢力的日本帝國。臺灣人建立臺灣民主國對抗日本，以藍地黃虎的「黃虎旗」當作國旗，以唐景崧就任臨時大總統，劉永福任大將軍。日軍為接收臺灣於1895年5月29日登陸澳底（新北市貢寮區三貂角附近），後遭遇『臺灣民主國』的正規軍（五營棟軍，廿營粵勇）和義軍抵抗暴發『乙未戰爭』（1895年5月29日～11月18日），臺灣民主國逐次節節抵抗，因武器落後和後援不繼而讓日本帝國武力佔領臺灣成功。
