2016年2月6日凌晨3時57分27.2秒高雄市美濃區發生芮氏規模6.4強震，釀成台南市重大死傷，中央氣象局地震測報中心主任郭鎧紋指出震央位於左鎮斷層、旗山斷層與潮州斷層之間，這三條斷層都不活躍，根據過去累積的有感地震資料，反而是這三條斷層中間有一塊「地震密集帶」，昔年有感地震都集中於此，包括甲仙地震與霧台地震，可能是「盲斷層」(根據經濟部中央地質研究所定義，就是斷層面並未露出到地表的斷層；一般是指位於較深部的斷層，其前緣尚未破裂延伸到地表附近；或是斷層在地表附近受到深厚的沉積物覆蓋，在地表淺部未能發現其蹤跡，也稱為盲斷層。)，根據經濟部中央地質調查所列管的斷層中，這個地震密集帶沒有斷層破裂到地表，所以很難判斷是否有斷層在這地方。台南因「場址效應」，因此受災比震央美濃更嚴重。過去震央附近的有感地震，最接近震央的地震是2010年3月4日的甲仙地震、當年規模6.42發、震度與這次美濃地震相當，其次是2012年2月26日屏東霧台地震、規模6.35。過去南台灣出現重大傷亡的大地震中，1946年的新化地震與這次美濃大地震最靠近；而1964年白河大地震與這次的震央距離遠，研判不是相同的斷層造成。這次初步研判可能就是密集帶的地震，而非目前所知斷層造成的地震。
另外中央大學地球科學系教授、台灣地震科學中心主任馬國鳳另提出「雙主震」之說，認為台南地底下有另一個南北向斷層，在美濃主震後4秒(即約3時57分31秒)引發台南另起地震。但中央氣象局地震測報中心仍認為，以現有資料及儀器能力，無法偵測出另一個震央，仍認定台南、美濃受災都是同一起地震事件。
馬國鳳在臉書貼文，指美濃地震其實是雙主震，第一主震「地震矩」規模約6.2，第二則為主震發生四秒後，地震矩規模約6.1，兩者加總後規模被地震測報中心測得規模6.4，第一震為東西向斷層，4秒後第二震為靠近台南附近的南北向斷層，可從地震時台南永康北邊三個測站W21B、W21A(山上國小,台南市山上區南洲里42號)和W21D(歸仁國小,臺南市歸仁區文化街一段100號)資料佐證，垂直搖晃與南北向搖晃幅度都不如東西向劇烈，這也能解釋出餘震多在台南而非震央美濃。主震後連續三天仔細分析測站資料，發現台南北邊的兩測站，分析地震波出現九二一地震時集集北邊測站曾出現的Killer Phase（致命脈衝），判斷台南地底下另一南北走向斷層，製造出東西向搖晃，深度仍不確定，可能超過30公里。
郭鎧紋說，尊重學術界看法，但中央氣象局將這波地震的「初始破裂點」美濃列為主震震央，其餘都是這個地震事件的組成事件，就如汶川大地震地底下接續破裂了300多公里，無法將其後的其餘破裂都視為獨立事件。
