1947年秋，第十三軍將收編的地方保安團隊編成的暫編第63師列入第十三軍序列。其後，參加了東北秋季戰役（解放軍稱東北秋季攻勢作戰）、東北冬季戰役（解放軍稱東北冬季攻勢作戰）。

1948年5月，國民黨軍調整作戰部屬，熱河省劃歸華北剿匪總司令部管轄，第十三軍隨之改隸華北剿匪總司令部指揮，參加了冀熱察戰役（解放軍稱出擊冀熱察戰役）。11月，軍長石覺調第9兵團任兵團司令職。另以第9兵團副司令駱振韶兼任第十三軍軍長，胡冠天任副軍長，全英任參謀長。此時，第十三軍下轄：第四師，駱振韶兼任師長（後鄧邦捷接任師長）；第八十九師，劉建章任師長（後胡冠天、潘如涵接任師長）；暫編第63師，（後改番號為第297師)，歐孝全任師長。9月，遼瀋戰役開始後，第十三軍隸屬東北剿匪總司令部冀熱遼邊區司令部，曾由承德出兵增援遼西。遼瀋戰役結束後，華北國民黨軍收縮兵力，第十三軍由承德撤到北平附近地區，並大肆擴編隊伍，第一五五師和第二九九師此時隸屬第十三軍序列，使其所轄軍隊達到5個師。1949年1月，第十三軍第一五五師兩個團、第297師1個團在密雲被人民解放軍全殲。1月21日，在北平和平解放前夕，第十三軍軍長駱振韶、副軍長胡冠天、參謀長全英及師以上軍官等，由北平乘飛機逃往南京，留在北平的部隊接受人民解放軍的和平改編。