內戰爆發時，李本一隨部與解放軍在安徽交鋒，並在靈壁、泗縣等地取得捷報。當國軍對山東實施重點進攻時，第七軍也隨之調到山東。此後整編第七十四師被圍，離整編第七十四師最近的第七軍、整25師和整83師成為了解圍的主力。可惜三個部隊各懷鬼胎，都是出兵不出力，坐看整編第七十四師覆沒，張靈甫等將領陣亡。事後國防部追究責任，對整25師和整83師的指揮官作出了處罰，但是對於新桂系的第七軍不好下手，畢竟白崇禧位高權重，動第七軍，容易落的個打壓雜牌的名聲。有人就出了主意，拿李本一開刀，重談李當年在南京的作為。白崇禧要保第七軍整體，就不便顧及個體，於是在白對李的再三保證之下，李本一“歸案”了。