1926年11月，第四軍亦於年底獲得擴編，第十二師則編為國民革命軍第四軍，由張發奎任軍長，黃琪翔為副軍長，下轄第十二師、第二十一師、二十五師。之後第四軍東進，與國民革命軍第三軍共同在江西擊破孫傳芳主力，攻下九江及南昌。1927年初，寧漢分裂，蔣介石等將國民政府遷往南京，與武漢對立。同時南京政府於4月開始清黨，捕殺共產黨人。廣東、廣西亦配合清共。於前方的第四軍在張發奎指揮下向武漢效忠。第十一軍陳銘樞等則因與唐生智不和，離開軍隊赴南京，國民革命軍第十一軍亦交張發奎指揮。

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