最高法院在馬英九特別費案的判決中，認定領據部分的特別費，不是「實質補貼」，而仍須符合「因公」支出的要件。如此一來，目前偵查中的首長特別費案，恐怕皆須詳查其用途，不能「善了」。
最高法院認為，高等法院判決馬英九無罪，所認定的馬英九「主觀上無不法所有意圖」、「客觀上未使用詐術，會計人員亦未陷於錯誤」等，檢察官在上訴時對此並未具體指摘出何處違背法令；另一方面，檢察官上訴理由指高等法院對特別費領據部分作成實質補貼之認定有瑕疵，但高院亦已認定馬英九的款項已全部因公用罄，所以這部分的瑕疵不影響判決結果。於是，最高法院認為檢察官上訴不合法而予駁回。
分析最高法院的見解，可以確認：特別費領據部分不是實質補貼，就仍是公款，既是公款就須因公支出；倘有首長以領據核銷的特別費未用於公務支出，就有違法的可能。最高法院的判決尚非判例，下級法院或檢方未必皆採相同見解；但最高法院既已就特別費領據部分表示意見，考量社會視聽，恐怕仍會對下級法院或檢方有相當的影響。亦即，目前及未來的首長特別費案之調查，恐怕都要耗費更多心力。
比較須憑「單據報銷」的特別費，和僅以「領據核銷」的特別費，前者的發票、收據等憑證都在卷內，查證起來固然極耗人力物力，但尚屬有據可查；僅以領據核銷的特別費，既然沒有任何憑證，要如何查證？相關首長宣稱的各種用途，是否皆可採信？若不予採信，又將如何核實？最高法院拒絕了「實質補貼」說，對目前尚未解決的首長特別費案，不啻是投下了震撼彈。
解決的方法之一，是檢方調整偵辦尺度。最高檢察署特偵組在總統大選前，對謝長廷和蘇貞昌的特別費案，雖仍然不採實質補貼說，但卻以「罪疑惟輕」、「被告毋須自證己罪」等理由，放過了謝、蘇兩人特別費領據部分。倘若這是一個解決辦法，即必須對所有的被告首長一體適用才可。不過，當初馬英九卻未獲得這樣的待遇。檢方對馬案和謝蘇案的明顯差別待遇，在當時曾引起輿論的強烈質疑。其實，檢方若不用「罪疑惟輕」、「被告毋須自證己罪」的標尺，「領據核銷」部分恐根本不可能偵辦，辦了也必失公平；但若檢方未來均採此一尺度來解套，即似應先就過去辦案的差別待遇有個交代，並追究相關檢察官的責任，方足以服眾。
當然，最徹底的解決是修法，明定首長特別費的性質就是實質補貼；目前未解決的案件，亦可因法律有變更、行為不罰而得以解套。但若要以修法方式解決，朝野之間即不能再有歧見，以共同解決此一「歷史共業」。
另須特別強調者：所謂是否實質補貼的爭議，是指首長特別費以「領據核銷」的部分。至於須憑「單據報銷」的部分，倘若有首長的發票、收據經查有不實虛偽的情形，那毫無疑問是貪汙犯行，這是不容含糊的。就此而言，當初呂秀蓮、陳唐山被起訴，乃至國務機要費案，陳水扁和吳淑珍蒐集發票報銷、侵吞公款的案件，仍然要追究清楚，自不待言。而目前未偵結的首長特別費案之中，如有發票、收據不實虛偽的情形，當然也要追究到底，不能縱放。另余文已因最高法院對其偽造文書罪定讞而須服刑，則其他特別費案中如確有以假發票報銷的情事，亦恐無寬貸的餘地。
首長特別費案紛擾至今，隨著馬英九的案件判決確定，應該是個徹底解決的契機。但不論如何解決，檢察體系在處理過程中出現的因人而異、政治考量、拒絕作成統一見解，及筆錄造假等等嚴重問題，一定要追究責任，向社會作出交代。尤其，本案充分顯示檢察體系之必須徹底改革，已是毋庸贅論！
