最近幾件事陷中研院於多事之秋。院長的遴選廣遭內外界非議，翁啟惠院長則與浩鼎案牽扯不清，這些事都使中研院形象嚴重受創。翁院長還被控貪污背信並遭限制出境，檢調單位在證據未確定前搜索院長辦公室，難免有藉傷害國家學術殿堂，乘機作秀並自重之嫌。前任院長李遠哲則被懷疑以不當手段主導新院長遴選，偏頗親信，並公開譴責特定候選人郭位，引發當事人與外界的嚴厲批評。今後如何挽救中研院工作人員士氣和扭轉中研院聲譽，是全國民眾關心和思考的事。

4月23日聯合報社論提出非常公允，考慮細膩的處理方式，顯現中肯與中性，令人耳目一新。簡單的說社論基本上建議馬英九總統應接受翁院長的請辭，並因郭位宣布退出院長遴選，總統應以「實質可圈選候選人不足三名」為由，把候選人名單退回中研院重新遴選。至於院長一職則可由馬總統徵詢蔡總統當選人之意見後，指定一位沒有藍綠政治色彩的公正人士暫代。

社論主張雖然極為公正，但難免侵犯到中研院的自主性和主體性。退回已通過候選人名單，會否引發新爭議，實在令人擔憂。還有中研院雖隸屬總統府，據筆者所知以往日常運作很少受到總統府的指點。一個學術機構，愈少受到外來政治干預愈能發揮學術自由的精神。中研院的正常運作是經由院務會議和評議會主導和監督的。正如社論所指出，中研院往往被少數大咖如台灣本土派的意見領袖李遠哲，和自詡為台灣泛藍國師的劉兆玄所左右，但至少現行體制有其獨立與自主性。今後只要兩會委員們接受社會輿論的監督，提起勇氣拒絕被少數人操控，缺陷還是很簡單就能化解。

社論的主張極為合理公正，然而似乎與現行中研院組織法不合。其實院長可以不辭但行政事務暫時交由一副院長負責。暫代副院長可由現任副院長互推，或由院務會議選出一人，如此也可免去馬總統被政治汙名化為指派自己人馬。至於新院長候選人，與其重新遴選，不如呈獻現有三位最高得票者交付總統，盡快圈選一位上任即可，不必接受郭位事後的放棄要求。根據往例與現況，可由馬總統和蔡準總統商量圈選一位院長。如果三位被圈選者全部拒絕接受，再重新遴選也不遲。

當然如社論指出，中研院如何杜絕大咖自肥，制訂公教人員獨一無二的永不退休特例，以及院方與政商團體牽扯不清等弊端，都需要全體成員的深切檢討與改進。中研院能否符合全民的期待，忠實扮演學術研究和諮詢角色，責任還是在於中研院的全體成員。他們應該有大無畏精神，抗拒內在與外來的強大腐化勢力。中研院的全體成員，提起勇氣捍衛學術自由和中研院自主吧。