当中国共产党在大陆执政后，断绝了梵蒂冈对中国教区的控制和联系，成立了中国政府自己的三自爱国会。他抵制中国政府对天主教会的“改造”和“渗透”，让教徒继续接受梵蒂冈的领导，拒绝在教会内部开展“反帝爱国运动”，他组织并亲自督导了“不投降、不退让、不出卖”的中华圣母军支团，阻止圣母军成员向政府登记和退团，拒不参加官方教会“中国天主教爱国会”，1955年9月8日，他和金鲁贤等与30多名神父及300多名教徒在上海被逮捕入狱。1960年3月，他以“反革命集团”首犯的罪名，被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。

在监狱中他受到非人的对待，他常对天主说：难道我错了？不！我没错！他把遭受的苦难当作天主对他的考验，他心中一直有天主陪他做伴。1985年7月他终于被假释，由上海“天主教爱国会”软禁看管，在美国总统老布什的干预下，中国当局于1988年1月宣布提前释放但条件是他必须出国。1988年，他获准前往美国，并且接受心脏病治疗，其后一直居美。

离开中国后，他成立了以他的名字命名的基金会，并一直呼吁中国当局给予人民更大的宗教信仰自由。

2000年3月12日上午三时零五分因为胃癌在美国康乃迭克州史坦佛市去世，享年九十八岁。

教廷约翰·保罗二世1979年6月秘密册封仍在狱中的他枢机主教，接替前任于斌的职务，1989年他赴罗马教廷与教宗会面。1991年6月29日，教宗在罗马接见了他，他俩紧紧拥抱，他流下了眼泪。教宗并授予他枢机红冠。按照“默存中心”的规例计算，他被列为第三位中国籍枢机。

天主教辅仁大学于中华民国七十八年十一月颁赠他荣誉博士学位

1998年六月，当时九十七岁的他，把中华人民共和国护照拿到纽约中国总领事馆办理延期时，总领事馆粗暴把他的护照吊销。他成了没有国籍的人，他被他的祖国抛弃了！但是他依然热爱他的祖国，他以自己是一个中国人为骄傲！

据旧金山湾区波罗阿多的Rayman V. Dunn神父说，他在遗嘱中要求：当中国变成自由的国家时，一定将他的遗体重新安葬在故乡上海。

在1960年3月21日，上海市中级人民法院刑事审判庭对他的判词是：“根据上列龚品梅反革命叛国集团所进行的一系列罪恶活动，本庭确认：以他为首的反革命叛国集团，披着宗教外衣，勾结帝国主义，背叛祖国，是帝国主义用以颠覆我国人民民主政权的重要工具，已构成严重的叛国罪行。”

中共上海党志（第八篇、第五章、第二节）：以他为首的反革命集团继续进行破坏反帝爱国运动和颠覆新中国的间谍活动，成为天主教内反革命分子进行破坏活动的全国指挥中心。9月，上海公安部门在天主教爱国人士和广大教徒的支持和配合下，摧垮以他为首的反革命集团，依法逮捕了一批反革命骨干分子。1960年3月，市中级人民法院对以他反革命集团进行公开审理，依法判处他无期徒刑，剥夺政治权利终身。

一九九八年二月十二日，时任中共宗教事务局主任的叶小文在纽约接受中国报界的访问时，评价他说：“他犯了分裂国家，危害人民的大罪。”

美国天主教主教团华人牧民中心主任江绥蒙席说，虽然他被拘禁了将近三十三年，但在这段期间，他成为中国基督信徒的效法典范，不愧为耶稣信徒。