高等法院裁定：陳水扁將國務機要費弊案證據、筆錄核定為「絕對機密」，是無效的行政處分。不久前，總統府亦曾宣布「查無南線專案檔案」。情勢演變至此，馬英九總統應該明確宣示，國務機要費弊案卷證並無任何國家機密存在，司法機關應依法進行審理。
陳水扁抵抗法院的兩大法寶，一是吳淑珍以健康理由不斷「請假」；一是離職前將國務機要費弊案證據、筆錄核定為「絕對機密」，並要求返還。吳淑珍拒不出庭，卻兩度公開投票，法院因而予以限制出境處分，可以算是法院對其行為的「反制」。而高院這次裁定駁回陳水扁的請求，且認為當初其核定無效，更是重重打了陳水扁一記耳光。
此前，高檢署特偵組具函總統府，要求就國務機要費弊案證據、筆錄「解密」，並詢問有無南線專案。馬英九總統的反應是：不解密，但同意司法機關使用卷證；另外則公開說明，民進黨政府交接，查無所謂「南線專案」的檔案。倘若南線專案並不存在，那陳水扁核定的所謂「絕對機密」，應是指法院審理卷證內的證據（發票）、筆錄等資料。如今，高等法院指出，這些證據、筆錄，只是單純的刑事案件卷證資料；則依國家機密保護法，本來就不可以核定為機密。因而，馬總統不解密但同意使用的處理方式，表面看來是滿足了司法機關的需要，但卻迴避了糾正不法措施、維護國家法紀的憲政責任，因此受到了社會的批評。
另一方面，陳水扁的違法核定若不予解除，則「形式」上「國家機密」還是存在，司法機關偵審仍有顧忌；例如，不能公開審理、資料不可外洩片言隻字，未來判決書記載有種種限制。從而，對於國務機要費弊案的審理，國人即無從知悉進展及內容，也無法據以評判陳水扁貪腐行為的是非輕重。就此而言，馬總統的處置也違背了選民投票推動政黨輪替的政治付託。
如今，高院既然裁定陳水扁的核定是「無效的行政處分」，並稱扣案的證據和筆錄是刑案事證，陳水扁總統不能用以掩飾犯罪；是則司法機關都對陳水扁的核定認定為違法了，對馬總統而言，解除其形式上的機密核定，尚有何顧慮可言？因而，馬總統應該迅速宣布，既然查無南線專案，國務機要費弊案的扣案證據筆錄亦經法院認為陳水扁的核定無效，則當立即在形式上解除其機密核定，使本案不存在任何延宕的藉口，審理偵查可以迅速展開，不受干擾。否則，馬總統若仍不採任何行動，陳水扁對高院的裁定又再頑抗到底，不論其是否有權再抗告、再抗告是否合法、有無理由，都將繼續拖延本案審判和偵查，國家司法正義勢將備受踐踏摧殘。
高等法院作出的裁定，是應最高法院的要求，就陳水扁要求返還核定之絕對機密，為實體上的裁判。高院除了指出陳水扁的核定無效，駁回返還的要求外；還強調大法官關於總統機密特權的解釋，並沒有說「已提交到法院的所謂機密證據筆錄可以要求返還」；又針對陳水扁自己主張「幕僚未及時呈報核定機密至核定有所遲延」，指明這顯示案內證據筆錄不是機密，否則豈不誤了國家大事？這對一向擅長運用巧門的陳水扁來說，可謂「以子之矛，攻子之盾」的回應。
對於刑事弊案的偵查審判，是伸張國家法紀的嚴肅工作，任何國人都有協助追究真相的義務，何況是肩負憲政法治重任的總統？倘若畏首畏尾，不敢公正以對，即是鄉愿！
值此情勢，馬總統應有明確迅速的行動，否則就要擔負延誤審判、掩蓋真相、阻撓正義的責任。
