至於基金會擁有自有房舍19處，台灣血液基金會表示，資產多數為捐血中心、捐血站、捐血室、捐血車等硬體設施，基隆市中山區身份證貸款以及採血、檢驗設備儀器，原是配合81年醫療法規定：「財團法人醫療機構，應有足以購置所需建築基地、房舍及必要設備之設立基金；其已有之土地、房舍合於設立醫療機構之用者，得抵充部分設立基金。」才規畫的近程、中程、遠程計畫，該項規定雖於日後刪除，但考量到每日處理大量血品所需，仍應具備自有房舍為宜。
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針對有周刊今（11）日報導「擁50億資產，血液基金會遭控不當黨產」一事，台灣血液基金會下午發出聲明回擊，強調財務公開，歡迎各界任何指教，但不容個別媒體汙蔑造謠，台灣捐血機構不是任何黨政資產，是全民的資產，是全民社會運動及無私奉獻的成果，希望讓民眾、捐血人了解事實、發揮愛心，持續捐血，才能避免傷病患者缺血危及生命。
台灣血液基金會說，目前基金宜蘭縣三星鄉身份證借錢會的董事會組成包括4位由政府指派的董事，包括衛福部常務次長蔡森田、衛福部主任秘書王宗曦、衛福部疾管署長周志浩、衛福部食藥署長姜郁美，另有9位民間董事，除了董事長葉金川等醫師之外，捐血團體代表中有佛光會中華總會榮譽總會長吳伯雄，因佛光會是基金會重要的捐血團體，運作一切透明及公開，且均依法接受政府的監督及指導。
台灣血液基金會聲明中
台灣血液基金會並解釋，基金會是財務自給自足的血液事業機構，未收取任何政府補助，經費來源苗栗縣三灣鄉身份證借款主要來自血液「工本材料費」，包括檢驗、分離、品管、保存等處理費用，再加上血袋耗材、檢驗試劑、醫療器材、高雄市林園區證件借錢血液貯存冷凍藏設備、捐供血車輛、人事及管理維護等費用，光以檢驗費用為例，依健保給付總額點數為1620點，但基金會全血給付僅575點，完全不可能因為血品而圖利。
台灣血液基金會表示，基金會是依醫療法成立的醫療財團法人，非政府機關，亦非政府出資捐助成立的基金會，基金會接受社會各界、民間團體捐助捐血車、血袋等設備器材，特別是獅子會、扶輪社、同濟會等大型社團，以及佛光會等宗教團體，報導所謂「基金會原始捐助來源為國民黨，應
引發爭議的報導指稱具高度公益性質的血液基金會每年竟有高達30億元收入，43年來不斷在全國購地買房，坐擁50億元資產，儼然成為臺東縣長濱鄉身分證借款房產大亨，且1200餘名員工平均月薪近7萬元；並提及不當黨產委員會已接獲檢舉，指台灣血液基金會表面上是紅十字會捐贈成立，實質上資金可能來自國民黨黨營事業。
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