馬英九總統日前接受墨西哥太陽報專訪指出，海峽雙方的關係應該不是兩個中國，而是一種特別的關係，但不是國與國的關係。馬英九「非國與國的特別關係」，有別於前總統李登輝的「特殊國與國關係」，以及陳水扁「一邊一國論」，為他上任後對兩岸關係最具體的一次論述。

對此，總統府發言人王郁琦說明，馬總統主張兩岸關係不是國與國關係，意指「不是國家對國家」，依憲法增修條文第十一條是「自由地區對大陸地區」，兩個地區是對等的，有兩個統治當局，不是中央與地方的關係，是對等的台灣地區對大陸地區的關係。

王郁琦強調，馬總統為兩岸關係重新定調，但主張「堅持主權但擱置爭議」，這絕非全面退守或棄械投降，雖然兩岸主權爭議難以解決，兩岸對領土的主張不一樣，但政府會維護中華民國的主權，堅持「三不─不統、不獨、不武」。

馬英九接受墨西哥太陽報專訪指出，兩岸關係不是兩個中國，「海峽兩岸雙方是處於一種特別的關係」，因為中華民國的憲法無法容許在領土上還有另外一個國家；大陸的憲法也不允許在其憲法所定的領土上還有另外一個國家。

「所以我們雙方是一種特別的關係，但不是國與國的關係」，馬英九說，所以也不可能取得任何一個外國，包括墨西哥在內的雙重承認，海峽兩岸一定是保持和平與繁榮的關係，同時讓雙方在國際社會都有尊嚴，這是政府的目標。

但馬英九強調，一九四九年因為中國大陸的內戰，中華民國政府離開了中國大陸，由中共政權統治，但中華民國沒有消失，大家不可能忽略這個現實。雖然主權爭議目前無法解決，卻可用「九二共識」暫時處理，雙方對於「一個中國」原則都可接受，但對「一個中國」的含意，大家有不同看法。

針對中國大陸仍持續對台灣部署飛彈，馬英九表示，大陸對台灣部署飛彈已經超過十年，每年以差不多八十至一百枚的速度增加，對台灣的安全造成很大威脅，將來發展兩岸關係，會要求對方簽署和平協議，在簽署和平協議之前，會要求對方對這些飛彈作一些處理。

「中國大陸是威脅，也是機會。」馬英九說，發展兩岸關係要把威脅極小化、機會極大化，一方面促進密切交流，但必須有防禦力量，嚇阻對方採取任何軍事行動，「我們不會採取攻勢的作為，戰略上一定是採取守勢」。

針對馬英九受訪提出「兩岸不是兩個中國，是一種特別關係」說法，大陸學者普遍認為充滿「積極、善意」，相信進一步建立互信後，兩岸關係會越走越圓滿。